Điều 5. - Thanh tra Bộ có nhiệm vụ:
1. Xây dựng chương trình công tác thanh tra, công tác xét giải quyết khiếu nại, tố cáo. tổ chức chỉ đạo hướng dẫn thực hiện kế hoạch thanh tra của Bộ đối với các đơn vị thuộc Bộ.
2. Thanh tra việc thực hiện chính sách, pháp luật thuộc các lĩnh vực Nông nghiệp, Công nghiệp thực phẩm trong phạm vi quản lý Nhà nước của Bộ. Thanh tra việc chấp hành chính sách, pháp luật trong quá trình thực hiện nhiệm vụ được giao của các cơ quan, đơn vị thuộc Bộ.
3. Giải quyết các khiếu nại, tố cáo mà Thủ trưởng các cơ quan, đơn vị thuộc quyền quản lý trực tiếp của Bộ đã giải quyết nhưng đương sự còn khiếu nại, hoặc phát hiện có tình tiết mới, hoặc việc giải quyết của thủ trưởng các đơn vị trực thuộc có dấu hiệu vi phạm pháp luật. Tham mưu cho Bộ trưởng giải quyết các khiếu nại, tố cáo thuộc thẩm quyền giải quyết của Bộ trưởng.
4. Hướng dẫn, chỉ đạo việc kiểm tra thực hiện công tác thanh tra, công tác xét giải quyết khiếu nại, tố cáo của Thủ trưởng các cơ quan, đơn vị trực thuộc Bộ.
5. Phối hợp với công đoàn ngành, hướng dẫn nghiệp vụ thanh tra cho các tổ chức thanh tra nhân dân của các cơ quan, đơn vị trực thuộc Bộ.
6. Qua công tác thanh tra đề xuất và kiến nghị với Bộ trưởng những vấn đề cần sửa đổi, bổ sung đối với cơ chế chính sách quản lý và công tác tổ chức cán bộ, công tác thi đua khen thưởng và kỷ luật.
7. Tổ chức đào tạo, bồi dưỡng lý luận, nghiệp vụ kinh tế kỹ thuật, pháp luật cho cán bộ của thanh tra Bộ. Tổ chức bồi dưỡng nghiệp vụ thanh tra cho cán bộ thanh tra ở các đơn vị trực thuộc Bộ. Phối hợp với thanh tra tỉnh, thành phố hướng dẫn nghiệp vụ thanh tra chuyên ngành cho thanh tra sở.
8. Thực hiện chế độ báo cáo với Bộ trưởng và Tổng thanh tra Nhà nước về công tác thanh tra, xét giải quyết khiếu nại, tố cáo.