Điều 3. Tổ chức bộ máy
Lãnh đạo CPO có Giám đốc, Phó Giám đốc và các bộ phận giúp việc (các Phòng chuyên môn, nghiệp vụ và Văn phòng dự án).
1. Lãnh đạo CPO:
Giám đốc, Phó Giám đốc của CPO do Bộ trưởng Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn bổ nhiệm, miễn nhiệm theo quy đinh hiện hành
Giám đốc CPO quản lý, điều hành toàn bộ các hoạt động của CPO, chịu trách nhiệm trước Bộ trưởng Bộ Nông nghiệp và Phát triền nông thôn, trước pháp luật về mọi hoạt động của CPO.
Phó Giám đốc giúp việc cho Giám đốc thực hiện nhiệm vụ cụ thể do Giám đốc phân công, chịu trách nhiệm trước Giám đốc và pháp luật về việc thực hiện nhiệm vụ được phân công và uỷ quyền.
2. Bộ máy quản lý của CPO (các phòng chuyên môn, nghiệp vụ):
2.1 Phòng Tổ chức - Hành chính;
2.2 Phòng Kế hoạch - Thống kê;
2.3 Phòng Tài chính - Kế toán;
2.4 Phòng thẩm định, chế độ dự toán;
2.5 Phòng Tái định cư - môi trường
2.l. Phòng Tổ chức - Hành chính
2.2. Phòng Kế hoạch - Thống kê
2.3. Phòng Tài chính - Kế toán
2.4. Phòng Kỹ thuật - Môi trường, tái định cư.
Trưởng, phó các Phòng chuyên môn, nghiệp vụ được bổ nhiệm theo quy định hiện hành; Cán bộ, viên chức được tuyển dụng vào làm việc tại CPO theo Pháp lệnh cán bộ công chức, được xếp ngạch, xếp lương theo quy định hiện hành của Nhà nước.
3. Văn phòng dự án: (tên tiếng Anh là Project Management Office (PMO) hay Project Management Unit (PMU) thành lập khi dự án được hình thành và giải thể khi kết thúc dự án, Văn phòng dự án do một Chủ nhiệm dự án phụ trách và một số cán bộ được cử từ các Phòng chuyên môn, nghiệp vụ sang để theo dõi, giúp việc, những cán bộ này chịu sự chỉ đạo của Chủ nhiệm dự án trong quá trình quản lý thực hiện dự án.
Chủ nhiệm dự án: Do Bộ trưởng Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn bổ nhiệm theo đề nghị của Giám đốc CPO, giúp việc cho Giám đốc và chịu trách nhiệm toàn diện trước Giám đốc, trước pháp luật về việc thực hiện nhiệm vụ được Giám đốc phân công, được quyền ký, đóng dấu các văn bản giao dịch liên quan đến dự án.