Điều 5. Tổ chức quản lý thu, nộp và sử dụng phí
1. Quản lý thu, nộp và sử dụng phí thuộc ngành Giao thông Vận tải thực hiện theo Thông tư số 63/2002/TT-BTC ngày 24/7/2002 của Bộ Tài chính hướng dẫn thực hiện các quy định pháp luật về phí và lệ phí, Thông tư số 45/2006/TT-BTC ngày 25/5/2006 của Bộ Tài chính sửa đổi, bổ sung Thông tư số 63/2002/TT-BTC ngày 24/7/2002 của Bộ Tài chính.
2. Tùy theo tình hình thực tế, các địa phương có thể tổ chức thu phí trực tiếp hoặc giao khoán theo hình thức đấu thầu, mức thu phải thực hiện đúng quy định tại Điều 3 của Quy định này. Biên lai thu phí do ngành thuế phát hành thống nhất và được quản lý sử dụng theo chế độ quản lý biên lai thu phí, lệ phí của Bộ Tài chính quy định.
a) Trường hợp đơn vị thu phí là cơ quan quản lý nhà nước thực hiện Nghị định 130/2005/NĐ-CP của Chính phủ, đơn vị sự nghiệp công lập chưa thực hiện Nghị định 43/2006/NĐ-CP của Chính phủ, đơn vị sự nghiệp công lập thực hiện nghị định 43/2006/NĐ-CP của Chính phủ do ngân sách nhà nước đảm bảo toàn bộ kinh phí hoạt động: số thu phí phải nộp 100 % vào ngân sách nhà nước, phần chi phí phục vụ công tác thu do ngân sách nhà nước đảm bảo.
- Trường hợp đơn vị thu phí là đơn vị sự nghiệp công lập thực hiện Nghị định 43/2006/NĐ-CP của Chính phủ tự đảm bảo toàn bộ kinh phí hoạt động, đơn vị sự nghiệp công lập thực hiện Nghị định 43/2006/NĐ-CP của Chính phủ tự đảm bảo một phần kinh phí hoạt động: số thu phí được để lại 100 % cho đơn vị thu sau khi thực hiện các nghĩa vụ tài chính theo quy định nhà nước.
b) Trường hợp phí được tổ chức theo hình thức đấu thầu giao khoán cho tổ chức, cá nhân ngoài cơ quan chức năng của Nhà nước thu: số thu theo giá trúng thầu được nộp 100% vào ngân sách nhà nước.
c) Đối với các dự án đầu tư có thu phí bằng hình thức BOT thì mức thu được thực hiện theo hợp đồng BOT đã ký kết giữa cơ quan nhà nước có thẩm quyền với nhà đầu tư. Trong quá trình khai thác, nếu thấy cần thiết phải điều chỉnh mức thu thì phải được hai bên thống nhất bổ sung hợp đồng nhưng không được vượt quá mức thu tại Điều 3 Quy định này và phải báo cáo với cơ quan có thẩm quyền.
Đối với các bến phà thuộc Trung ương quản lý thì mức thu phí do cơ quan có thẩm quyền của Trung ương quyết định; các bến đò, phà, chẹt liên tỉnh do một tỉnh quản lý phải có sự thỏa thuận giữa 2 huyện của hai tỉnh để thống nhất mức thu và phải báo cáo với cơ quan có thẩm quyền của hai tỉnh trước khi thực hiện.