Điều 5. Chế độ kế toán và báo cáo quyết toán:
Hàng quý, năm Văn phòng Bộ chịu trách nhiệm lập dự toán, tổng hợp quyết toán thu, chi lệ phí thẩm định đầu tư cùng với dự toán và quyết toán niên độ của đơn vị gửi cơ quan có thẩm quyền theo dõi và tổng hợp theo hệ thống kế toán Hành chính sự nghiệp quy định tại Quyết định số 999/TC/CĐKT ngày2/11/1996 của Bộ trưởng Bộ Tài chính và Thông tư 121/2002/TT-BTC ngày 31/12/2002 của Bộ Tài chính về việc hướng dẫn kế toán đơn vị sự nghiệp có thu.
Căn cứ đặc thù và yêu cầu quản lý, Văn phòng Bộ quy định việc lập, luân chuyển chứng từ chi tiêu nội bộ để phù hợp với công tác quản lý và hạch toán kế toán.
Thủ trưởng đơn vị tham gia thẩm định đầu tư và đơn vị tổ chức thu chịu trách nhiệm về những quyết định thu, chi, đảm bảo tính trung thực, khách quan của số liệu chi tiêu và báo cáo quyết toán tài chính.
Vụ Kinh tế Tài chính có trách nhiệm hướng dẫn, kiểm tra việc quản lý và sử dụng lệ phí thẩm định đầu tư.