Điều 4. Cơ cấu tổ chức
1. Lãnh đạo Ban Quản lý:
a) Ban Quản lý có Trưởng ban và không quá ba (03) Phó Trưởng ban;
b) Việc bổ nhiệm, bổ nhiệm lại, miễn nhiệm, cách chức, điều động, luân chuyển, khen thưởng, kỷ luật, cho từ chức, nghỉ hưu và thực hiện các chế độ, chính sách đối với Trưởng ban, Phó Trưởng ban do Chủ tịch UBND tỉnh quyết định theo quy định của Đảng, Nhà nước về công tác cán bộ.
2. Các tổ chức tham mưu tổng hợp và chuyên môn, nghiệp vụ, gồm:
a) Văn phòng (trong đó có Bộ phận Tiếp nhận và Trả kết quả).
b) Phòng Kế hoạch tổng hợp;
c) Phòng Quản lý đầu tư;
d) Phòng Quản lý doanh nghiệp;
đ) Phòng Quản lý tài nguyên và môi trường;
e) Phòng Quản lý quy hoạch và xây dựng;
g) Văn phòng Đại diện Ban Quản lý Khu kinh tế tại cửa khẩu Quốc tế Hoa Lư (gọi tắt là Văn phòng Đại diện Khu kinh tế cửa khẩu Hoa Lư);
h) Văn phòng Đại diện Ban Quản lý Khu kinh tế tại khu vực Chơn Thành (gọi tắt là Văn phòng Đại diện khu vực Chơn Thành).
Văn phòng Ban Quản lý có Chánh Văn phòng và không quá hai (02) Phó Chánh Văn phòng; Văn phòng Đại diện có Trưởng Văn phòng và một (01) Phó Trưởng Văn phòng; mỗi phòng chuyên môn, nghiệp vụ có Trưởng phòng và không quá hai (02) Phó Trưởng phòng. Chức vụ Chánh Văn phòng, Trưởng Văn phòng Đại diện và Trưởng phòng do Trưởng ban Ban Quản lý bổ nhiệm, bổ nhiệm lại sau khi có văn bản thỏa thuận của Giám đốc Sở Nội vụ. Chức vụ Phó Chánh Văn phòng, Phó Trưởng Văn phòng Đại diện và Phó Trưởng phòng do Trưởng ban Ban Quản lý bổ nhiệm, miễn nhiệm theo quy định của pháp luật.
3. Đơn vị sự nghiệp công lập: Trung tâm Khai thác Hạ tầng Khu công nghiệp.
a) Trung tâm có Giám đốc và không quá hai (02) Phó Giám đốc;
b) Việc bổ nhiệm, bổ nhiệm lại, miễn nhiệm, cách chức, điều động, luân chuyển, khen thưởng, kỷ luật, cho từ chức, nghỉ hưu và thực hiện các chế độ, chính sách đối với Giám đốc, Phó Giám đốc Trung tâm được thực hiện theo quy định của pháp luật và phân cấp thẩm quyền quản lý công chức, viên chức trong các đơn vị sự nghiệp công lập trên địa bàn tỉnh đã được UBND tỉnh ban hành.