Điều 4. Cơ cấu tổ chức của Sở Nông nghiệp và Phát triển nông thôn, gồm có:
1. Lãnh đạo Sở: có Giám đốc và 03 Phó Giám đốc.
Giám đốc Sở là người đứng đầu Sở, chịu trách nhiệm trước Uỷ ban nhân dân thành phố, Chủ tịch Uỷ ban nhân dân thành phố và trước pháp luật về toàn bộ hoạt động của Sở; chịu trách nhiệm báo cáo công tác Uỷ ban nhân dân thành phố và Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn; Báo cáo công tác của ngành trước Hội đồng nhân dân thành phố khi được yêu cầu.
Phó Giám đốc là người giúp Giám đốc Sở chỉ đạo một hoặc một số lĩnh vực công tác; chịu trách nhiệm trước Giám đốc Sở và trước pháp luật về nhiệm vụ được phân công.
Việc bổ nhiệm Giám đốc và Phó Giám đốc Sở do Uỷ ban nhân dân thành phố quyết định theo tiêu chuẩn chuyên môn, nghiệp vụ do Bộ trưởng Bộ Nông thôn và Phát triển nông thôn ban hành và theo quyết định cuả pháp luật. Việc miễn nhiệm, từ chức, khen thưởng, kỷ luật và các chế độ chính sách khác đối với Giám đốc và Phó Giám đốc Sở thực hiện theo các quy định của pháp luật.
2. Cơ cấu tổ chức:
2.1. Tổ chức tham mưu tổng hợp và chuyên môn, nghiệp vụ thuộc Sở:
2.1.1. Văn phòng Sở;
2.1.2. Thanh tra Sở;
2.1.3. Phòng Kế hoạch - Tài chính;
2.1.4. Phòng Tổ chức - Cán bộ;
2.1.5. Phòng Trồng trọt;
2.1.6. Phòng Chăn nuôi;
2.1.7. Phòng Quản lý xây dựng công trình;
2.1.8. Phòng Nuôi trồng thuỷ sản;
2.1.9. Phòng Quản lý chất lượng nông, lâm, thuỷ sản;
2.2. Chi cục quản lý chuyên ngành:
2.2.1. Chi cục Bảo vệ thực vật;
2.2.2. Chi cục Thú y;
2.2.3. Chi cục Kiểm lâm;
2.2.4. Chi cục Khai thác và Bảo vệ nguồn lợi thuỷ sản;
2.2.5. Chi cục Thuỷ lợi;
2.2.6. Chi cục Đê điều và Phòng, chông lụt, bão;
2.2.7. Chi cục Phát triển nông thôn;
2.3. Các tổ chức sự nghiệp trực thuộc Sở:
2.3.1. Trung tâm Khuyến nông - Khuyến ngư;
2.3.2. Trung tâm Nước sạch và Vệ sinh môi trường nông thôn;
2.3.3. Trung tâm Giống và Phát triển nông lâm nghiệp công nghệ cao;
2.3.4. Trung tâm Giống Thuỷ sản;
2.3.5. Trung tâm Dịch vụ hậu cần thuỷ sản;
2.3.6. Trường Trung cấp nghề thuỷ sản;
2.3.7. Vườn Quốc gia Cát Bà;
2.3.8. Ban Quản lý Dự án các công trình nông nghiệp và phát triển nông thôn.