Các khu vực bảo tồn nguồn lợi thủy sản trong khu vực (các bãi đẻ trứng và nuôi dưỡng con non, ấu trùng) được xác định cụ thể tại bản đồ kèm theo Quy chế này. Bao gồm:
Các bãi cá đẻ: Khu vực Pác Sai (Khu vực cửa hồ 3 chảy ra Sông Năng); khu vực cửa Sông Bó Lù; khu vực cửa Suối Tả Han; Khu vực Sông Bó Lù; khu vực cửa Suối Chợ Lèng.
Các bãi nuôi dưỡng con non, ấu trùng: Khu vực Ao Tiên; khu vực quanh đảo An Mã.
Các hoạt động tại khu vực bảo tồn không được làm ảnh hưởng đến môi trường sống, sinh sản của các loài thủy sản; đồng thời việc khai thác thủy sản phải tuân thủ Khoản 2, Điều 8 Quy chế này.