Tất cả các hoạt động nuôi trồng thuỷ sản phải có đánh giá tác động môi trường và kế hoạch dự kiến loài thủy sản được nuôi trồng, các hoạt động được thực hiện và quản lý theo các quy định của pháp luật; phải tuân thủ nghiêm ngặt các quy định về quản lý và phòng chống các bệnh lây nhiễm và ô nhiễm gây ra do nuôi trồng thủy sản.
Các tổ chức, cá nhân tham gia các hoạt động nuôi trồng thuỷ sản trên phạm vi khu vực đánh bắt (trừ Hồ Ba Bể) phải được sự cho phép của Ban Quản lý và các cơ quan có thẩm quyền liên quan và tuân thủ các quy định của pháp luật về nuôi trồng thủy sản và Quy chế này.
Việc nuôi cá lồng, bè không được đặt tại các vị trí làm cản trở hay ảnh hưởng đến sự an toàn của giao thông đường thủy hoặc làm giảm mỹ quan tự nhiên.