Điều 3. Về cơ cấu tổ chức và biên chế
1. Phòng có Trưởng phòng và các Phó Trưởng phòng do Bộ trưởng Bộ Y tế bổ nhiệm, miễn nhiệm theo đề nghị của Vụ trưởng Vụ Kế hoạch - Tài chính và Vụ trưởng Vụ Tổ chức cán bộ.
Trưởng phòng chịu sự quản lý, điều hành của Vụ trưởng Vụ Kế hoạch -Tài chính trong việc tổ chức thực hiện nhiệm vụ, chịu trách nhiệm trước Bộ trưởng Bộ Y tế và trước pháp luật về mọi hoạt động của phòng. Các Phó Trưởng phòng giúp việc cho Trưởng phòng và chịu trách nhiệm trước Trưởng phòng về nhiệm vụ được phân công.
2. Cán bộ, công chức của Phòng Y tế quốc phòng gồm các cán bộ, sĩ quan quân độibiệt phái làm công tác quốc phòng tại Bộ Y tế và các cán bộ khác được tuyển dụng theo quy định của pháp luật và của Bộ Y tế
Công chức trong phòng thực hiện các nhiệm vụ do Trưởng phòng phân công và chịu trách nhiệm trước Trưởng phòng về việc thực hiện những nhiệm vụ đó.
3. Biên chế của Phòng Y tế quốc phòng nằm trong biên chế hành chính của Vụ Kế hoạch - Tài chính do Bộ trưởng Bộ Y tế quyết định.