Điều 5. Cơ cấu tổ chức bộ máy của Trường Nghiệp vụ quản lý Khoa học và Công nghệ bao gồm các đơn vị trực thuộc sau:
1. Khoa Công chức và Công vụ;
2. Khoa Kinh doanh và Phát triển;
3. Phòng Đào tạo và Hợp tác quốc tế;
4. Văn phòng;
5. Nhà Hội thảo khoa học Đồ Sơn.
Tuỳ theo yêu cầu công tác, Trường có thể kiến nghị với Bộ trưởng thành lập bộ phận đại diện để tổ chức thực hiện hoạt động đào tạo, bồi dưỡng tại các tỉnh phía Nam.
Nhiệm vụ cụ thể của các đơn vị trực thuộc trường do Hiệu trưởng quy định.
Trường được thành lập Hội đồng Khoa học và Đào tạo để tư vấn cho Hiệu trưởng về các vấn đề liên quan đến thực hiện chức năng, nhiệm vụ của Trường theo quy định của pháp luật hiện hành.