Điều 4. Trường Nghiệp vụ quản lý Khoa học và Công nghệ được tổ chức và làm việc theo chế độ thủ trưởng.
Hiệu trưởng Trường Nghiệp vụ quản lý Khoa học và Công nghệ chịu trách nhiệm trước Bộ trưởng về toàn bộ công tác của Trường và điều hành hoạt động bằng Điều lệ Tổ chức và hoạt động của Trường.
Trường có một số Phó Hiệu trưởng giúp Hiệu trưởng trong việc lãnh đạo công tác của Trường, được Hiệu trưởng phân công phụ trách một số mặt công tác của Trường và chịu trách nhiệm trước Hiệu trưởng về công việc được phân công, được quyền quyết định về những vấn đề thuộc phạm vi trách nhiệm được giao. Tuy nhiên, Hiệu trưởng vẫn là người chịu trách nhiệm về các quyết định này.
Khi vắng mặt, Hiệu trưởng ủy quyền cho một Phó Hiệu trưởng quản lý điều hành hoạt động của Trường.