Điều 3. Cơ cấu tổ chức
Cơ cấu tổ chức của Viện Quy hoạch Thuỷ lợi miền Nam gồm Lãnh đạo Viện Quy hoạch Thuỷ lợi miền Nam các đơn vị chuyên môn, nghiệp vụ trực thuộc (Phòng, Ban, Trung tâm, Văn phòng).
1. Lãnh đạo Viện:
Viện trưởng, các Phó viện trưởng được Bộ trưởng Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn bổ nhiệm, miễn nhiệm theo quy định hiện hành của Nhà nước.
Viện trưởng Viện Quy hoạch Thuỷ lợi miền Nam quản lý, điều hành toàn bộ các hoạt động của Viện Quy hoạch Thuỷ lợi miền Nam, chịu trách nhiệm toàn diện trước Bộ trưởng Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn, trước pháp luật về mọi hoạt động của Viện.
Phó viện trưởng giúp việc cho Viện trưởng chịu trách nhiệm trước Viện trưởng và pháp luật về thực hiện nhiệm vụ được phân công.
2. Các phòng chuyên môn, nghiệp vụ:
a. Khối quản lý Viện:
- Phòng Tổ chức - Hành chính;
- Phòng Tổng hợp - Kỹ thuật;
- Phòng Kế hoạch - Hợp tác quốc tế;
- Phòng Tài chính - Kế toán;
- Các hội đồng tư vấn (KHCN, kinh tế, nhân sự...).
b. Khối thiết kế quy hoạch:
- Phòng Quy hoạch Thuỷ lợi miền Tây Nam Bộ
- Phòng Quy hoạch Thuỷ lợi miền Đông Nam Bộ.
- Phòng Thủy văn - Nguồn nước;
- Phòng Địa hình - Địa chất.
3. Các đơn vị trực thuộc:
a. Trung tâm chất lượng nước và môi trường;
b. Trung tâm Tư vấn và chuyển giao công nghệ ngành nước.
4. Văn phòng Ban quản lý quy hoạch lưu vực sông.
a) . Văn phòng Ban quản lý quy hoạch lưu vực sông Đồng Nai;
b) . Văn phòng Ban quản lý quy hoạch lưu vực sông Cửu Long;
Các văn phòng được thành lập và hoạt động theo Quyết định 37/2001/QĐ-BNN-TCCB và Quyết định số 38/2001/QĐ-BNN-TCCB ngày 9/4/2001 của Bộ trưởng Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn