Điều 6. Trách nhiệm giải quyết khiếu nại được quy định như sau:
1. Đối với khiếu nại không đủ điều kiện giải quyết hoặc không thuộc thẩm quyền giải quyết của Bộ trưởng, Thanh tra Bộ xử lý theo quy định của Luật Khiếu nại, tố cáo.
2. Đối với khiếu nại quyết định hành chính, hành vi hành chính của Bộ trưởng, của cán bộ công chức do Bộ trưởng trực tiếp quản lý, Chánh Thanh tra Bộ xem xét nội dung khiếu nại liên quan đến tổ chức, đơn vị nào thì chuyển cho Thủ trưởng tổ chức, đơn vị đó xem xét, kết luận và phôi hợp với Thanh tra Bộ để kiến nghị Bộ trưởng giải quyết Trong trường hợp này, quyết định giải quyết khiếu nại của Bộ trưởng là quyết định giải quyết khiếu nại lần đầu.
3. Đối với khiếu nại mà Thủ trưởng đơn vị trực thuộc Bộ, Chủ tịch Ủy ban nhân dân cấp tỉnh, Giám đốc Sở Giáo dục và Đào tạo đã giải quyết nhưng còn có khiếu nại mà nội dung thuộc thẩm quyền giải quyết của Bộ trưởng thì Chánh Thanh tra Bộ tiến hành xác minh, kết luận, kiến nghị để Bộ trưởng giải quyết. Trong trường hợp này, quyết định giải quyết khiếu nại của Bộ trưởng là quyết định giải quyết khiếu nại cuối cùng.
4. Đối với khiếu nại quyết định kỷ luật cán bộ, công chức do Bộ trưởng ký và khiếu nại quyết định kỷ luật cán bộ, công chức do Thủ trưởng đơn vị trực thuộc Bộ ký đã được giải quyết lần đầu nhưng còn khiếu nại tiếp thì giao cho Vụ Tổ chức cán bộ xác minh, kết luận, kiến nghị để Bộ trưởng giải quyết.
5. Khi kiến nghị để Bộ trưởng giải quyết khiếu nại phải kèm theo dự thảo quyết định giải quyết khiếu nại với nội dung theo quy định tại Điều 38, Điều 45 của Luật Khiếu nại, tố cáo; không được dùng công văn, thông báo hoặc hình thức văn bản khác để thay thế quyết định giải quyết khiếu nại.
Quyết định giải quyết khiếu nại phải gửi cho người khiếu nại, người bị khiếu nại, người có quyền, lợi ích liên quan và Tổng Thanh tra Nhà nước; đối với những vụ việc phức tạp thì mời người khiếu nại, người bị khiếu nại, người có quyền, lợi ích liên quan, đại diện cơ quan có liên quan đến để công bố công khai quyết định giải quyết khiếu nại.
6. Khi nhận được khiếu nại thuộc thẩm quyền của cấp dưới trực tiếp nhưng đã quá thời hạn quy định mà chưa được giải quyết thì Chánh Thanh tra Bộ chuyển để yêu cầu cấp dưới giải quyết, đồng thời có trách nhiệm chỉ đạo, kiểm tra, đôn đốc việc giải quyết và nếu thấy cần thiết thì kiến nghị để Bộ trưởng xử lý người thiếu trách nhiệm hoặc cố tình trì hoãn việc giải quyết đó.