Chịu trách nhiệm quản lý, tổ chức triển khai thực hiện các chương trình trên địa bàn theo mục tiêu, nhiệm vụ quy định của từng chương trình.
Triển khai xây dựng kế hoạch, tổng họp kế hoạch thực hiện chương trình trên địa bàn; đồng thời bố trí kinh phí đối ứng từ nguồn ngân sách địa phương theo tỷ lệ quy định để thực hiện chương trình.
Đối với các dự án áp dụng cơ chế đầu tư thông thường, khi gửi hồ sơ cho cơ quan chủ trì thẩm định thì UBND cấp huyện gửi đồng thời 01 bộ hồ sơ đề xuất chủ trương đầu tư dự án cho cơ quan chủ trì chương trình đê theo dõi và tổng họp báo cáo.
Chịu trách nhiệm quản lý, hướng dẫn sử dụng kinh phí được giao theo đúng mục tiêu, nhiệm vụ từng chương trình và tuân thú theo quy định của Luật ngân sách và các văn bản hướng dẫn của Trung ương, của tỉnh.
Trên cơ sở hướng dẫn của cơ quan chủ chương trình MTQG và cơ quan thường trực chương trình MTQG tỉnh, thực hiện chế độ báo cáo, giám sát đánh giá các dự án thuộc chương trình MTQG trên địa bàn, gửi vê cơ quan chủ trì chương trình, các cơ quan chủ trì dự án thành phân theo yêu câu.