Phối hợp với Sở Kế hoạch và Đầu tư trong việc hướng dẫn lập, tổng hợp, giao kế hoạch thực hiện các chương trình 5 năm và hằng năm.
Chịu trách nhiệm hướng dẫn việc quản lý, sử dụng nguồn kinh phí sự nghiệp; cơ chế thanh toán, quyết toán nguồn vốn thực hiện các chương trình MTQG; chủ trì, phối họp với các cơ quan chủ trì thực hiện chương trình, cơ quan chủ trì thực hiện dự án thành phần tổng họp kế hoạch, thẩm định phân bổ kinh phí sự nghiệp nguồn ngân sách nhà nước 05 năm và hằng năm đế thực hiện các Chương trình trên địa bàn tỉnh, báo cáo Ban Chỉ đạo, UBND tỉnh.
Phối họp với Sở Ke hoạch và Đầu tư tổng họp báo cáo kết quả thực hiện chương trình hằng năm, giữa kỳ, kết thúc giai đoạn hoặc đột xuất theo quy định; cập nhật thông tin vào Hệ thống thông tin theo quy định của Bộ Ke hoạch và Đầu tư.
Tham gia với các đơn vị liên quan kiểm tra, giám sát, đánh giá kết quả thực hiện chương trình, dự án của các sở, ngành, địa phương theo kế hoạch trên địa bàn.