Điều 23. Tổng cục Hải quan có trách nhiệm quy định thủ tục khai báo, kiểm hoá, tính thuế, nộp thuế đối với hàng hoá xuất khẩu, nhập khẩu và tổ chức thực hiện việc thu thuế thống nhất trong toàn ngành Hải quan. Hải quan tỉnh, thành phố và hải quan cửa khẩu có trách nhiệm thực hiện đúng quy định về thủ tục đăng ký tờ khai hàng khi tổ chức, cá nhân có hàng xuất khẩu, nhập khẩu cung cấp đầy đủ các chứng từ hợp lệ để tính thuế; tính đúng số thuế mà tổ chức, cá nhân phải nộp thuế, đảm bảo thuận lợi cho tổ chức, cá nhân thực hiện nghĩa vụ nộp thuế.
Bộ Tài chính có trách nhiệm quy định và hướng dẫn việc thu nộp thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu, nghiệp vụ về sổ sách, kế toán, về hoàn trả tiền thuế, về báo cáo định kỳ, báo cáo kết quả thu nộp ngân sách, nợ đọng tiền thuế để ngành hải quan các cấp thực hiện và kiểm tra việc thực hiện Luật Thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu của ngành hải quan.
Ngân hàng Nhà nước Việt Nam có trách nhiệm quy định và hướng dẫn các ngân hàng cơ sở cung cấp đầy đủ tài liệu thanh toán liên quan đến thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu gồm tên các ngân hàng, số hiệu tài khoản của các đối tượng nộp thuế theo yêu cầu của cơ quan hải quan và cơ quan thuế để phục vụ cho việc kiểm tra thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu.