Điều 5. Phối hợp thực hiện quản lý nhà nước về hoạt động của Lực lượng Cảnh sát biển và việc phối hợp hoạt động giữa các lực lượng của các cơ quan quy định tại Điều 1 Quy chế này dựa trên cơ sở chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn của mỗi cơ quan, lực lượng đã được pháp luật quy định; không làm cản trở đến các hoạt động hợp pháp trên biển; đảm bảo công tác quản lý nhà nước thống nhất theo từng chuyên ngành.
Việc phối hợp, chỉ đạo hoạt động giữa Lực lượng Cảnh sát biển với Lực lượng Bộ đội Biên phòng và các lực lượng khác thuộc Bộ Quốc phòng do Bộ trưởng Bộ Quốc phòng quy định.