Điều 51. Nhiệm vụ của cơ quan thanh toán
1. Chịu trách nhiệm thanh toán vốn kịp thời, đầy đủ cho nhiệm vụ, dự án theo đề nghị của chủ đầu tư trên cơ sở hồ sơ pháp lý, tạm ứng, thanh toán đảm bảo đầy đủ theo quy định tại Nghị định này. Có ý kiến bằng văn bản cho chủ đầu tư đối với những khoản giảm thanh toán hoặc từ chối thanh toán, trả lời các vướng mắc của chủ đầu tư trong việc thanh toán vốn.
Trường hợp phát hiện tài liệu tại hồ sơ do chủ đầu tư cung cấp trái với quy định hiện hành, cơ quan thanh toán có văn bản đề nghị xem xét lại và nêu rõ ý kiến đề xuất; quá thời hạn quy định mà không được trả lời hoặc được trả lời mà thấy chưa phù hợp với quy định hiện hành, cơ quan thanh toán báo cáo lên cơ quan có thẩm quyền cao hơn và báo cáo cơ quan tài chính để xem xét, xử lý.
2. Đôn đốc chủ đầu tư, đơn vị, tổ chức thực hiện bồi thường, hỗ trợ tái định cư thực hiện đúng quy định về tạm ứng, thu hồi vốn tạm ứng, công nợ, phối hợp với chủ đầu tư thực hiện theo dõi số vốn đã tạm ứng để đôn đốc chủ đầu tư, đơn vị, tổ chức thực hiện nhiệm vụ bồi thường, hỗ trợ, tái định cư thu hồi ngay những khoản tồn đọng chưa sử dụng hoặc sử dụng không đúng mục đích, tất toán tài khoản của các nhiệm vụ, dự án đã phê duyệt quyết toán theo quy định. Được phép tạm ngừng thanh toán vốn hoặc phối hợp với chủ đầu tư thu hồi số vốn sử dụng sai mục đích, sai đối tượng hoặc trái với quy định quản lý tài chính của nhà nước hiện hành.
3. Thực hiện chế độ thông tin báo cáo theo quy định tại Nghị định này và các quy định hiện hành.
4. Xác nhận số giải ngân trong năm, lũy kế số thanh toán từ khởi công đến hết niên độ ngân sách nhà nước cho từng nhiệm vụ, dự án hoặc xác nhận số vốn đã thanh toán theo yêu cầu quản lý; đối với vốn ngoài nước, cơ quan thanh toán xác nhận theo số liệu đề nghị tạm ứng, thanh toán của chủ đầu tư (chủ dự án) đã được cơ quan thanh toán chấp nhận.
5. Hướng dẫn cụ thể quy trình thanh toán trong hệ thống.