Điều 4. Lãnh đạo Trung tâm gồm một Hội đồng Trung tâm (chịu trách nhiệm chính về mặt khoa học) và một Giám đốc; Giám đốc có một số Phó giám đốc giúp việc.
1. Hội đồng Trung tâm gồm một số nhà khoa học trong và ngoài Trung tâm, tổng số không quá 15 người, nhiệm kỳ là 5 năm. Thành viên Hội đồng nhiệm kỳ đầu tiên do Viện trưởng Viện Khoa học Việt Nam, Bộ trưởng Bộ Khoa học, Công nghệ và môi trường và Bộ trưởng, Trưởng ban Ban Tổ chức - Cán bộ Chính phủ phối hợp lựa chọn và đề nghị, Thủ tướng Chính phủ phê duyệt. Hội đồng bầu ra Chủ tịch, và 1 đến 2 Phó Chủ tịch. Chủ tịch, Phó Chủ tịch hội đồng do Thủ tướng Chính phủ xem xét và bổ nhiệm. Chủ tịch Hội đồng làm việc chuyên trách, các thành viên của Hội đồng làm việc theo chế độ kiêm nhiệm.
Hội đồng Trung tâm có nhiệm vụ và quyền hạn:
a) Thảo luận và quyết định các phương hướng, quy hoạch và kế hoạch phát triển các ngành khoa học và công nghệ của Trung tâm.
b) Quyết định kế hoạch nghiên cứu và triển khai khoa học và công nghệ hàng năm của Trung tâm, phân bổ kinh phí nghiên cứu khoa học do ngân sách cấp cho Trung tâm, trên cơ sở đề nghị của Giám đốc Trung tâm.
c) Kiểm tra việc thực hiện các Nghị quyết và quyết định của Hội đồng trong phạm vi toàn Trung tâm.
d) Tư vấn cho Giám đốc Trung tâm về các vấn đề tổ chức và cán bộ của Trung tâm.
e) Quyết định việc đặt ra và xét tặng các giải thưởng khoa học của Trung tâm.
2. Giám đốc Trung tâm chịu trách nhiệm trước Thủ tướng Chính phủ về mọi mặt hoạt động của Trung tâm. Giám đốc và các Phó giám đốc do Thủ tướng Chính phủ bổ nhiệm.
Giám đốc Trung tâm có trách nhiệm cùng với Chủ tịch hội đồng Trung tâm xây dựng quy chế hoạt động của Trung tâm trình Thủ tướng Chính phủ phê duyệt.