Điều 3. - Cơ cấu tổ chức của Trung tâm gồm có:
A. Các viện nghiên cứu khoa học và công nghệ:
1. Viện toán học
2. Viện Công nghệ thông tin
3. Viện Vật lý
4. Viện Vật lý địa cầu
5. Viện hoá học
6. Viện Công nghệ hoá học
7. Viện hoá học các hợp chất thiên nhiên
8. Viện Sinh thái và tài nguyên sinh vật
9. Viện Hải dương học
10. Viện sinh học nhiệt đới
11. Viện Công nghệ sinh học
12. Viện cơ học
13. Viện Cơ học ứng dụng
14. Viện Khoa học vật liệu
15. Viện địa chất
16. Viện địa lý
17. Viện Kỹ thuật nhiệt đới.
Địa điểm đặt trụ sở chính và các phân viện của từng viện do Giám đốc trung tâm quyết định.
B. Các cơ quan chức năng giúp việc Giám đốc trung tâm:
1. Văn phòng
2. Ban kế hoạch - Tài chính
3. Ban Hợp tác quốc tế
4. Ban tổ chức - cán bộ
5. Ban Thanh tra
6. Trung tâm thông tin - tư liệu (đơn vị sự nghiệp)
7. Văn phòng 2 tại thành phố Hồ Chí Minh.
C. Các doanh nghiệp Nhà nước thuộc Trung tâm thành lập theo Nghị định số 388-HĐBT ngày 20-11-1991 của Hội đồng Bộ trưởng.