Điều 46. Nghị định này có hiệu lực thi hành sau 15 ngày, kể từ ngày đăng Công báo và áp dụng cho kỳ tính thuế từ năm 2007.
Nghị định này thay thế Nghị định số 164/2003/NĐ-CP ngày 22 tháng 12 năm 2003 của Chính phủ quy định chi tiết thi hành Luật Thuế thu nhập doanh nghiệp và Nghị định số 152/2004/NĐ-CP ngày 06 tháng 08 năm 2004 của Chính phủ sửa đổi, bổ sung một số điều của Nghị định số 164/2003/NĐ-CP.
1. Cơ sở kinh doanh mới thành lập từ dự án đầu tư được cấp Giấy chứng nhận đăng ký kinh doanh, Giấy chứng nhận đầu tư kể từ ngày Nghị định số 108/2006/NĐ-CP ngày 22 tháng 09 năm 2006 của Chính phủ quy định chi tiết và hướng dẫn thi hành một số điều của Luật Đầu tư có hiệu lực thi hành thì thực hiện nộp thuế thu nhập doanh nghiệp theo quy định tại Nghị định này.
2. Bãi bỏ quy định ưu đãi về thuế thu nhập doanh nghiệp tại khoản 1 Điều 36 Nghị định số 187/2004/NĐ-CP ngày 16 tháng 11 năm 2004 của Chính phủ về chuyển công ty nhà nước thành công ty cổ phần. Các công ty cổ phần được thành lập từ cổ phần hoá doanh nghiệp nhà nước trước ngày Nghị định này có hiệu lực thi hành được tiếp tục hưởng ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp theo quy định tại khoản 1 Điều 36 Nghị định số 187/2004/NĐ-CP cho thời gian còn lại.
Bãi bỏ ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp do đáp ứng điều kiện về sử dụng nguyên liệu trong nước, ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp do đáp ứng điều kiện về tỷ lệ xuất khẩu của hoạt động dệt, may quy định tại các văn bản pháp luật về đầu tư nước ngoài tại Việt Nam, về khuyến khích đầu tư trong nước, về thuế thu nhập doanh nghiệp và văn bản pháp luật về đầu tư kể từ năm tính thuế 2007.
3. Cơ sở kinh doanh đang được hưởng ưu đãi về thuế thu nhập doanh nghiệp theo quy định tại các Nghị định số 164/2003/NĐ-CP ngày 22 tháng 12 năm 2003, số 152/2004/NĐ-CP ngày 06 tháng 08 năm 2004 của Chính phủ và các quyết định của Thủ tướng Chính phủ ban hành trước ngày Nghị định này có hiệu lực thi hành thì tiếp tục được hưởng ưu đãi cho thời gian còn lại. Trường hợp mức ưu đãi về thuế suất và thời gian miễn, giảm thuế thu nhập doanh nghiệp đang được hưởng thấp hơn mức ưu đãi quy định tại Nghị định này thì cơ sở kinh doanh được hưởng ưu đãi theo quy định tại Nghị định này cho thời gian còn lại.
4. Cơ sở kinh doanh đã được cấp Giấy phép đầu tư, Giấy chứng nhận đăng ký kinh doanh, Giấy chứng nhận đầu tư trước ngày nước Cộng hoà xã hội chủ nghĩa Việt Nam chính thức trở thành thành viên của Tổ chức Thương mại thế giới (ngày 11 tháng 01 năm 2007) mà có thu nhập từ hoạt động kinh doanh (trừ hoạt động dệt, may quy định tại khoản 2 Điều này) đang được hưởng ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp do đáp ứng điều kiện về tỷ lệ xuất khẩu quy định tại các văn bản pháp luật về đầu tư nước ngoài tại Việt Nam, về khuyến khích đầu tư trong nước, về thuế thu nhập doanh nghiệp và văn bản pháp luật về đầu tư thì tiếp tục được hưởng ưu đãi về thuế thu nhập doanh nghiệp theo quy định tại các văn bản pháp luật đó đến hết năm 2011.
5. Việc giải quyết những tồn tại về thuế, quyết toán thuế, miễn, giảm thuế và xử lý vi phạm hành chính về thuế thu nhập doanh nghiệp trước ngày Nghị định này có hiệu lực thi hành được thực hiện theo quy định tương ứng trong các văn bản pháp luật về thuế thu nhập doanh nghiệp, về đầu tư nước ngoài tại Việt Nam, về khuyến khích đầu tư trong nước và các văn bản quy phạm pháp luật khác đã ban hành trước ngày Nghị định này có hiệu lực thi hành.