Điều 6. Việc nộp lệ phí cấp phép, phí xả nước thải vào nguồn nước, phí phòng, chống ô nhiễm nguồn nước quy định tại Điều 7 và điểm b khoản 2 Điều 19 Luật Tài nguyên nước được quy định cụ thể như sau:
1. Tổ chức, cá nhân khi xin phép xử nước thải vào nguồn nước phải nộp lệ phí cấp phép;
2. Tổ chức, cá nhân có nhu cầu xả nước thải vào nguồn nước, hệ thống công trình thuỷ lợi phải nộp phí xả nước thải;
3. Tổ chức, cá nhân xả nước thải sinh hoạt vào hệ thống tiêu thoát nước chung của thành phố, đô thị, khu dân cư tập trung phải nộp phí phòng, chống ô nhiễm;
4. Tổ chức, cá nhân sản xuất, kinh doanh xả nước thải vào hệ thống tiêu thoát nước chung của thành phố, đô thị, khu dân cư tập trung phải nộp phí xả nước thải; trường hợp tổ chức, cá nhân áp dụng các biến pháp khoa học công nghệ tiên tiến bảo đảm khối lượng xả ít hơn, mức độ xử lý nước thải tốt hơn so với quy định thì được xét miễn, giảm phí xả nước thải;
5. Lệ phí cấp phép, phí xả nước thải, phí phòng, chống ô nhiễm được sử dụng cho việc quản lý và bảo vệ tài nguyên nước. Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn phối hợp với Bộ Tài chính hướng dẫn thủ tục thu, nộp, quản lý, sử dụng phí xả nước thải, phí phòng, chống ô nhiễm và các trường hợp miễn, giảm.
Bộ Tài chính chủ trì, phối hợp với Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn và các Bộ, ngành có liên quan trình Thủ tướng Chính phủ quyết định về mức thu lệ phí cấp phép, phí xả nước thải, phí phòng, chống ô nhiễm nguồn nước.