Điều 13. Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn chịu trách nhiệm trước Chính phủ thực hiện chức năng quản lý Nhà nước về tài nguyên nước trong phạm vi cả nước, bao gồm:
1. Chủ trì, phối hợp với các Bộ, ngành có liên quan, Uỷ ban nhân dân tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương xây dựng và chỉ đạo thực hiện chiến lược, quy hoạch, kế hoạch, chính sách về bảo vệ, khai thác, sử dụng, phát triển tài nguyên nước; phòng, chống và khắc phục hậu quả tác hại do nước gây ra; lập danh mục các lưu vực sông trình Thủ tướng Chính phủ quyết định;
2. Xây dựng và trình Chính phủ ban hành hoặc ban hành theo thẩm quyền các văn bản pháp quy, quy trình, quy phạm, tiêu chuẩn, định mức về bảo vệ, khai thác, sử dụng tài nguyên nước, phòng, chống và khắc phục hậu quả tác hại do nước gây ra;
3. Tổng hợp, quản lý kết quả điều tra cơ bản, kiểm kê, đánh giá tài nguyên nước trong phạm vi cả nước; xây dựng ngân hàng dữ liệu về tài nguyên nước và thực hiện công tác kiểm kê, đánh giá tài nguyên nước thuộc chức năng, nhiệm vụ quản lý của Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn;
4. Quyết định theo thẩm quyền việc điều hoà, phân phối tài nguyên nước theo quy định tại khoản 3 Điều 7 của Nghị định này; cấp, thu hồi, gia hạn giấy phép hoặc uỷ quyền cho Uỷ ban nhân dân tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương cấp, thu hồi, gia hạn giấy phép về tài nguyên nước, giấy phép hành nghề khoan điều tra, khảo sát địa chất, thăm dò, thi công công trình khai thác nước dưới đất theo quy định của Nghị định này;
5. Quyết định theo thẩm quyền hoặc trình Thủ tướng Chính phủ quyết định biện pháp, huy động lực lượng, vật tư, phương tiện để phòng, chống, khắc phục hậu quả lũ, lụt, hạn hán, xử lý sự cố công trình thuỷ lợi và các tác hại khác do nước gây ra;
6. Tổ chức công tác thanh tra chuyên ngành về tài nguyên nước; giải quyết các tranh chấp, khiếu nại, tố cáo trong lĩnh vực pháp luật về tài nguyên nước;
7. Tổng hợp và đề xuất trình Chính phủ xử lý các vấn đề trong quan hệ quốc tế về lĩnh vực tài nguyên nước;
8. Đề xuất, trình Chính phủ về chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn và hệ thống tổ chức cơ quan quản lý nhà nước về tài nguyên nước; tuyên truyền, phổ biến pháp luật tài nguyên nước;
9. Quản lý việc khai thác và bảo vệ công trình thuỷ lợi, công tác phòng, chống lụt, bão và xây dựng, tổ chức thực hiện chương trình nước sạch và vệ sinh môi trường nông thôn.