Điều 50. Nghị định này có hiệu lực thi hành sau 15 ngày, kể từ ngày đăng Công báo và áp dụng cho kỳ tính thuế từ năm 2004.
Các Nghị định số 30/1998/NĐ-CP ngày 13 tháng 5 năm 1998, số 26/2001/NĐ-CP ngày 04 tháng 6 năm 2001 của Chính phủ quy định chi tiết thi hành Luật Thuế thu nhập doanh nghiệp hết hiệu lực thi hành kể từ ngày 01 tháng 01 năm 2004.
1. Bãi bỏ quy định về hoàn thuế thu nhập doanh nghiệp đã nộp cho số thu nhập tái đầu tư, thuế chuyển thu nhập ra nước ngoài và các quy định ưu đãi về thuế suất, về miễn, giảm thuế thu nhập doanh nghiệp quy định tại Nghị định số 24/2000/NĐ-CP ngày 31 tháng 7 năm 2000 và Nghị định số 27/2003/NĐ-CP ngày 19 tháng 3 năm 2003 của Chính phủ quy định chi tiết thi hành Luật Đầu tư nước ngoài tại Việt Nam.
Bãi bỏ các quy định ưu đãi về thuế suất, về miễn, giảm thuế thu nhập doanh nghiệp tại các Nghị định số 51/1999/NĐ-CP ngày 08 tháng 7 năm 1999, số 35/2002/NĐ-CP ngày 29 tháng 3 năm 2002 của Chính phủ quy định chi tiết thi hành Luật Khuyến khích đầu tư trong nước và các quy định về thuế thu nhập doanh nghiệp tại Nghị định số 81/2002/NĐ-CP ngày 17 tháng 10 năm 2002 của Chính phủ quy định chi tiết thi hành một số điều của Luật Khoa học và Công nghệ.
Bãi bỏ các quy định về thuế chuyển quyền sử dụng đất đối với cơ sở kinh doanh tại Nghị định số 19/2000/NĐ-CP ngày 08 tháng 6 năm 2000 của Chính phủ quy định chi tiết thi hành Luật Thuế chuyển quyền sử dụng đất và Luật sửa đổi, bổ sung một số điều của Luật Thuế chuyển quyền sử dụng đất.
2. Các doanh nghiệp có vốn đầu tư nước ngoài đã được cấp Giấy phép đầu tư và các cơ sở kinh doanh trong nước đã được cấp Giấy chứng nhận ưu đãi đầu tư thì tiếp tục được hưởng các ưu đãi về thuế ghi trong Giấy phép đầu tư, Giấy chứng nhận ưu đãi đầu tư. Trường hợp, các mức ưu đãi về thuế thu nhập doanh nghiệp ghi trong Giấy phép đầu tư, Giấy chứng nhận ưu đãi đầu tư thấp hơn mức ưu đãi về thuế thu nhập doanh nghiệp theo quy định của Nghị định này thì cơ sở kinh doanh được hưởng các mức ưu đãi về thuế thu nhập doanh nghiệp theo quy định của Nghị định này cho thời gian ưu đãi còn lại. Các doanh nghiệp có vốn đầu tư nước ngoài đã hết thời hạn được hưởng ưu đãi thuế theo Giấy phép đầu tư thì chuyển sang áp dụng thuế suất 25% và trường hợp đang nộp thuế theo mức thuế suất 25% thì được tiếp tục thực hiện mức thuế suất này đến hết thời hạn của Giấy phép đầu tư đã cấp. Các cơ sở kinh doanh trong nước hết thời hạn ưu đãi về thuế suất, thuế thu nhập doanh nghiệp và các cơ sở kinh doanh khác trong nước đang áp dụng thuế suất 32% chuyển sang áp dụng thuế suất 28% kể từ ngày 01 tháng 01 năm 2004.
3. Việc giải quyết những tồn tại về thuế, quyết toán thuế, miễn, giảm thuế và xử lý vi phạm hành chính về thuế thu nhập doanh nghiệp trước ngày 01 tháng 01 năm 2004 được thực hiện theo quy định tương ứng trong các văn bản pháp luật về thuế thu nhập doanh nghiệp, pháp luật về đầu tư nước ngoài tại Việt Nam, pháp luật về khuyến khích đầu tư trong nước và các văn bản quy phạm pháp luật khác đã ban hành trước ngày Nghị định này có hiệu lực thi hành.