Điều 9. Khấu trừ thuế giá trị gia tăng đầu vào :
1. Cơ sở kinh doanh thuộc đối tượng nộp thuế giá trị gia tăng theo phương pháp khấu trừ thuế được tính khấu trừ thuế giá trị gia tăng đầu vào như sau :
a) Thuế giá trị gia tăng của hàng hoá, dịch vụ mua vào dùng cho sản xuất, kinh doanh hàng hoá, dịch vụ chịu thuế giá trị gia tăng thì được khấu trừ toàn bộ.
b) Thuế giá trị gia tăng đầu vào của hàng hoá, dịch vụ mua vào dùng đồng thời cho sản xuất, kinh doanh hàng hoá, dịch vụ chịu thuế giá trị gia tăng và không chịu thuế giá trị gia tăng thì chỉ được khấu trừ số thuế đầu vào của hàng hoá, dịch vụ dùng cho sản xuất, kinh doanh hàng hoá, dịch vụ chịu thuế giá trị gia tăng.
Cơ sở kinh doanh phải hạch toán riêng thuế đầu vào được khấu trừ và không được khấu trừ; trường hợp không hạch toán riêng được thì được khấu trừ theo tỷ lệ (%) giữa doanh số chịu thuế so với tổng doanh số bán ra.
c) Thuế đầu vào được khấu trừ phát sinh trong tháng nào được kê khai, khấu trừ khi xác định số thuế phải nộp của tháng đó. Thời gian kê khai chậm nhất là 03 tháng kể từ thời điểm kê khai thuế của tháng phát sinh. Hóa đơn giá trị gia tăng của hàng hóa, dịch vụ mua vào quá thời hạn 03 tháng, cơ sở kinh doanh không được kê khai khấu trừ mà phải tính vào giá trị hàng hóa, dịch vụ, nguyên giá tài sản cố định hoặc chi phí kinh doanh.
Riêng thuế đầu vào của tài sản cố định được khấu trừ lớn thì được khấu trừ dần hoặc được hoàn thuế theo quy định tại Điều 15 của Nghị định này.
d) Hàng hóa, dịch vụ xuất khẩu được khấu trừ hoặc hoàn thuế giá trị gia tăng đầu vào phải có đủ điều kiện, thủ tục sau :
- Tờ khai hàng hóa xuất khẩu có xác nhận của cơ quan Hải quan về hàng hóa đã làm thủ tục xuất khẩu (áp dụng đối với hàng hoá xuất khẩu);
- Hợp đồng bán hàng hoá, gia công hàng hoá (đối với trường hợp gia công hàng hoá), cung ứng dịch vụ cho tổ chức, cá nhân nước ngoài;
- Thực hiện thanh toán qua Ngân hàng và các trường hợp được coi như thanh toán qua Ngân hàng như : cấn trừ vào khoản tiền vay nợ nước ngoài, phía nước ngoài ủy quyền cho bên thứ 3 là tổ chức, cá nhân ở nước ngoài thanh toán qua Ngân hàng (trừ trường hợp xuất khẩu thanh toán theo hình thức hàng đổi hàng, trả nợ cho Nhà nước, xuất khẩu lao động thu tiền trực tiếp của người đi xuất khẩu lao động; hàng hóa xuất khẩu bán tại hội chợ, triển lãm ở nước ngoài và một số hàng hóa, dịch vụ xuất khẩu có hình thức thanh toán đặc biệt do Thủ tướng Chính phủ quyết định);
- Hóa đơn bán hàng hoá, dịch vụ cho thương nhân nước ngoài.
Trường hợp hàng hóa, dịch vụ xuất khẩu đã có xác nhận của cơ quan Hải quan (đối với hàng hóa xuất khẩu) nhưng không đủ một trong các điều kiện, thủ tục còn lại nêu trên thì cơ sở kinh doanh không được khấu trừ thuế giá trị gia tăng đầu vào mà tính vào chi phí kinh doanh. Bộ Tài chính hướng dẫn cụ thể thủ tục, điều kiện áp dụng trường hợp này.
Đối với cơ sở kinh doanh nộp thuế giá trị gia tăng theo phương pháp tính trực tiếp trên giá trị gia tăng, khi chuyển sang áp dụng tính nộp thuế theo phương pháp khấu trừ thuế chỉ được tính khấu trừ thuế giá trị gia tăng đầu vào theo quy định đối với hoá đơn, chứng từ phát sinh từ ngày áp dụng tính thuế giá trị gia tăng theo phương pháp khấu trừ thuế.
đ) Đối với cơ sở kinh doanh mua hàng hoá, dịch vụ có tính đặc thù của tổ chức cá nhân nước ngoài kinh doanh nộp thuế giá trị gia tăng theo phương pháp khấu trừ thuế được dùng loại hóa đơn giá trị gia tăng ghi giá thanh toán là giá đã có thuế giá trị gia tăng thì căn cứ vào giá đã có thuế để xác định giá không có thuế và thuế giá trị gia tăng đầu vào được khấu trừ theo phương pháp tính nêu tại khoản 10 Điều 6 của Nghị định này.
e) Trường hợp cơ sở kinh doanh tại Việt Nam mua hàng hóa, dịch vụ của tổ chức, cá nhân nước ngoài kinh doanh tại Việt Nam không thuộc các hình thức đầu tư theo Luật Đầu tư nước ngoài tại Việt Nam, không thực hiện chế độ kế toán Việt Nam thì cơ sở kinh doanh tại Việt Nam phải nộp thuế giá trị gia tăng thay cho nhà thầu nước ngoài. Cơ sở kinh doanh tại Việt Nam được tính khấu trừ số thuế giá trị gia tăng đã nộp thay.
2. Căn cứ để xác định số thuế đầu vào được khấu trừ quy định trên đây là :
a) Đối với hàng hoá, dịch vụ mua vào là số tiền thuế giá trị gia tăng ghi trên hoá đơn giá trị gia tăng mua hàng hoá, dịch vụ; trường hợp nộp thay nhà thầu nước ngoài hoặc đối tượng khác theo quy định của pháp luật là chứng từ nộp thuế thay.
b) Đối với hàng hoá nhập khẩu là số tiền thuế giá trị gia tăng đã nộp ghi trên chứng từ nộp thuế giá trị gia tăng hàng nhập khẩu.
c) Đối với hàng hoá, dịch vụ mua vào của cơ sở kinh doanh nộp thuế giá trị gia tăng theo phương pháp khấu trừ được dùng loại hóa đơn ghi giá thanh toán là giá đã có thuế giá trị gia tăng thì được căn cứ vào hóa đơn đó để tính số thuế đầu vào được khấu trừ theo quy định tại điểm đ khoản 1 Điều này.
3. Cơ sở kinh doanh không được khấu trừ thuế giá trị gia tăng đầu vào đối với các hóa đơn giá trị gia tăng sử dụng không đúng theo quy định của pháp luật như : sử dụng hóa đơn, chứng từ nộp thuế giá trị gia tăng giả, hóa đơn khống (không mua, bán hàng hóa, dịch vụ), hóa đơn ghi giá trị cao hơn giá trị thực tế của hàng hóa, dịch vụ bán ra.