Điều 16. Cơ quan Thuế có những nhiệm vụ, quyền hạn và trách nhiệm sau đây :
1. Hướng dẫn các cơ sở kinh doanh đã đăng ký kinh doanh thực hiện chế độ đăng ký, kê khai, nộp thuế giá trị gia tăng theo đúng quy định của Luật Thuế giá trị gia tăng.
Những cơ sở kinh doanh không thực hiện đúng các quy định về đăng ký, kê khai nộp thuế thì cơ quan thuế ra thông báo lần thứ 01, nếu đã nhận được thông báo lần thứ 01 mà cơ sở vẫn không thực hiện thì cơ quan thuế có quyền xử lý vi phạm hành chính về thuế.
2. Thông báo cho cơ sở kinh doanh nộp thuế theo phương pháp khấu trừ thuế giải trình, điều chỉnh, bổ sung hoặc kê khai lại trong trường hợp tờ khai thuế giá trị gia tăng không khai đủ, khai đúng số thuế phải nộp. Thông báo cho cơ sở kinh doanh nộp thuế theo phương pháp trực tiếp về số thuế phải nộp và thời hạn nộp thuế theo quy định. Thông báo nộp thuế phải gửi tới đối tượng nộp thuế trước 03 ngày so với ngày phải nộp thuế ghi trên thông báo.
Nếu quá thời hạn nộp thuế theo quy định mà cơ sở kinh doanh chưa nộp thì ra thông báo về số tiền thuế và số tiền phạt chậm nộp thuế theo quy định tại khoản 2 Điều 19 của Luật Thuế giá trị gia tăng. Thời hạn tính phạt chậm nộp thuế hàng tháng kể từ ngày 26 của tháng tiếp theo hoặc kể từ ngày phải nộp thuế theo thông báo của cơ quan Thuế đối với đối tượng nộp thuế mà cơ quan Thuế ra thông báo thuế. Thời hạn tính phạt chậm nộp đối với hàng hoá nhập khẩu và các trường hợp khác là sau ngày phải nộp theo luật định được ghi trên thông báo thuế. Nếu cơ sở kinh doanh vẫn không chấp hành nộp tiền thuế, tiền phạt theo thông báo thì cơ quan thuế có quyền áp dụng hoặc đề nghị cơ quan có thẩm quyền áp dụng các biện pháp xử lý quy định tại khoản 4 Điều 19 của Luật Thuế giá trị gia tăng để đảm bảo thu đủ số thuế, số tiền phạt. Nếu thực hiện các biện pháp xử lý trên mà cơ sở kinh doanh vẫn không nộp đủ số tiền thuế, số tiền phạt thì cơ quan thuế chuyển hồ sơ sang các cơ quan pháp luật để xử lý.
3. Kiểm tra, thanh tra việc kê khai, nộp thuế, quyết toán thuế của cơ sở kinh doanh theo đúng quy định của pháp luật.
4. Xử lý vi phạm hành chính về thuế và giải quyết khiếu nại về thuế theo quy định của pháp luật.
5. Yêu cầu các đối tượng nộp thuế cung cấp sổ kế toán, hoá đơn, chứng từ và các hồ sơ tài liệu khác có liên quan tới việc tính thuế, nộp thuế; yêu cầu các tổ chức tín dụng, ngân hàng và tổ chức, cá nhân khác có liên quan cung cấp các tài liệu có liên quan tới việc tính thuế và nộp thuế.
6. Lưu giữ và sử dụng số liệu, tài liệu mà cơ sở kinh doanh và đối tượng khác cung cấp theo chế độ quy định.