Điều 5.- Hải quan tỉnh, thành phố, đặc khu trực thuộc Trung ương chịu sự quản lý trực tiếp và toàn diện của Tổng cục Hải quan về các mặt nghiệp vụ, tổ chức, biên chế, lao động, tiền lương, kinh phí, trang bị và chịu sự kiểm tra của Uỷ ban nhân tỉnh, thành phố, đặc khu trực thuộc Trung ương trong việc thực hiện kế hoạch, thi hành những chỉ thị công tác của Tổng cục Hải quan, những chủ trương chính sách pháp luật của Nhà nước tại địa phương.
Hải quan cửa khẩu chịu sự quản lý trực tiếp và toàn diện của Giám đốc Hải quan tỉnh, thành phố, đặc khu trực thuộc Trung ương.