Điều 6. Quản lý sử dụng
1. Tổ chức thu phí nộp toàn bộ số tiền phí thu được vào ngân sách nhà nước theo Mục lục ngân sách nhà nước hiện hành. Nguồn chi phí trang trải cho việc thẩm định và thu phí do ngân sách nhà nước bố trí trong dự toán của tổ chức thu thuế chế độ, định mức chi ngân sách nhà nước theo quy định của pháp luật.
2. Trường hợp tổ chức thu phí được khoản chi phí hoạt động theo quy định của Chính phủ hoặc Thủ tướng Chính phủ về cơ chế tự chủ, tự chịu trách nhiệm trong việc sử dụng biên chế và sử dụng kinh phí quản lý hành chính đối với các cơ quan nhà nước, được để lại 90% trong tổng số tiền phí thu được để trang trải chi phí cho việc thẩm định và thu phí theo quy định tại khoản 2 Điều 5 Nghị định số 120/2016/NĐ-CP. Số còn lại 10% (mười phần trăm) phải nộp vào ngân sách nhà nước theo Mục lục ngân sách nhà nước hiện hành.