Điều 3. Thủ tục và trình tự hoàn thuế GTGT
1. Hồ sơ hoàn thuế:
a) Văn bản đề nghị hoàn thuế theo mẫu số 05/ĐNHT ban hành kèm theo Thông tư số 128/2008/TT-BTC ngày 24 tháng 12 năm 2008 của Bộ Tài chính hướng dẫn thu và quản lý thu ngân sách nhà nước qua Kho bạc Nhà nước, trong đó ghi lý do là theo hướng dẫn tại Thông tư này (ghi rõ số Thông tư), trong hồ sơ chưa có chứng từ nộp thuế GTGT ở khâu nhập khẩu.
b) Bảng kê khai tổng hợp số thuế GTGT hàng nhập khẩu phát sinh của các tờ khai hải quan hàng hoá nhập khẩu đã đóng dấu xác nhận của cơ quan hải quan theo mẫu số 01-1/HTBT ban hành kèm theo Thông tư 60/2007/TT-BTC ngày 14 tháng 6 năm 2007 của Bộ Tài chính hướng dẫn thi hành một số điều của Luật Quản lý thuế và hướng dẫn thi hành Nghị định số 85/2007/NĐ-CP , trong đó:
- Chỉ tiêu “Số thuế đầu vào được khấu trừ” và chỉ tiêu “Số thuế đầu vào lớn hơn số thuế đầu ra đề nghị được hoàn lại” ghi số thuế GTGT phát sinh;
- Chỉ tiêu “Số thuế phát sinh đầu ra” không ghi và gạch chéo;
- Chỉ tiêu “Số thuế đã nộp” ghi “nợ chứng từ nộp thuế GTGT khâu nhập khẩu”.
c) Bảng kê các tờ khai hải quan hàng hoá nhập khẩu đã đóng dấu xác nhận của cơ quan hải quan theo mẫu 01-2/GTGT ban hành kèm theo Thông tư số 60/2007/TT-BTC , trong đó ghi rõ gửi kèm văn bản đề nghị hoàn thuế theo mẫu số 05/ĐNHT và:
- Chỉ tiêu “Ký hiệu hoá đơn” thay bằng “Ký hiệu tờ khai” hải quan;
- Chỉ tiêu “Số hoá đơn” thay bằng “Số tờ khai” hải quan;
- Chỉ tiêu “Ngày, tháng, năm phát hành” thay bằng “Ngày đăng ký tờ khai” hải quan;
- Cột ghi chú ghi rõ là “nợ chứng từ nộp thuế GTGT khâu nhập khẩu”.
Cơ sở kinh doanh chịu trách nhiệm trước pháp luật về tính hợp lệ, hợp pháp và chính xác của hồ sơ, chứng từ, hoá đơn và các tài liệu khác có liên quan đến đề nghị hoàn thuế gửi cơ quan thuế.
2. Trình tự hoàn thuế:
2.1. Nộp và tiếp nhận hồ sơ hoàn thuế:
Cơ sở kinh doanh lập và gửi hồ sơ hoàn thuế đến cơ quan thuế, trong hồ sơ chưa có chứng từ nộp thuế GTGT khâu nhập khẩu.
Trường hợp hồ sơ hoàn thuế được nộp trực tiếp tại cơ quan thuế, công chức thuế tiếp nhận và đóng dấu tiếp nhận hồ sơ, ghi thời gian nhận hồ sơ, ghi nhận số lượng tài liệu trong hồ sơ.
Trường hợp hồ sơ hoàn thuế được gửi qua đường bưu chính, công chức thuế đóng dấu ghi ngày nhận hồ sơ và ghi vào sổ văn thư của cơ quan thuế.
Trường hợp hồ sơ hoàn thuế được nộp thông qua giao dịch điện tử, việc tiếp nhận, kiểm tra, chấp nhận hồ sơ hoàn thuế do cơ quan thuế thực hiện thông qua hệ thống xử lý dữ liệu điện tử.
2.2. Xử lý hoàn thuế:
- Trường hợp người nộp thuế đã gửi hồ sơ hoàn thuế nhưng chưa đầy đủ theo quy định, trong thời hạn 2 (hai) ngày làm việc, kể từ thời điểm tiếp nhận hồ sơ, cơ quan thuế phải thông báo bằng văn bản cho người nộp thuế hoàn chỉnh hồ sơ.
- Trường hợp hồ sơ hoàn thuế đầy đủ, chính xác, đúng đối tượng theo quy định, cơ quan thuế có trách nhiệm xem xét, kiểm tra hồ sơ đề nghị hoàn thuế của cơ sở kinh doanh theo đúng quy trình hoàn thuế GTGT.
Trong thời gian tối đa 15 (mười lăm) ngày kể từ ngày nhận đủ hồ sơ, cơ quan thuế thông báo cho cơ sở kinh doanh biết kết quả kiểm tra xác định hồ sơ hoàn thuế đã đủ điều kiện hoàn (kể cả trường hợp hồ sơ thuộc diện kiểm tra trước, hoàn thuế sau) và yêu cầu doanh nghiệp nộp chứng từ nộp thuế GTGT khâu nhập khẩu để cơ quan thuế ra quyết định hoàn thuế.
- Trong vòng 3 (ba) ngày làm việc kể từ khi nhận được chứng từ nộp thuế GTGT hàng nhập khẩu, cơ quan thuế có trách nhiệm kiểm tra đối chiếu chứng từ nộp thuế với số liệu đã kê khai trong hồ sơ hoàn thuế của cơ sở kinh doanh và ra quyết định hoàn thuế. Trường hợp số thuế GTGT đã nộp ghi trên chứng từ nộp thuế thấp hơn số thuế đề nghị hoàn ban đầu thì số thuế được hoàn là số thuế đã nộp ghi trên chứng từ nộp thuế; trường hợp số thuế GTGT đã nộp ghi trên chứng từ nộp thuế cao hơn số thuế đề nghị hoàn ban đầu thì số thuế được hoàn là số thuế đề nghị hoàn ban đầu.