Điều 3. Thông tư này có hiệu lực thi hành sau bốn mươi lăm ngày kể từ ngày ký ban hành. Loại khỏi Danh mục phân bón được phép sản xuất kinh doanh và sử dụng ở Việt Nam (1064 loại phân bón - Phụ lục 2 kèm theo) kể từ ngày Thông tư này có hiệu lực gồm:
1. Danh mục phân bón ban hành kèm theo Quyết định số 40/2004/QĐ-BNN ngày 19/8/2009 của Bộ trưởng Bộ NN&PTNT;
2. Phân hữu cơ khoáng (STT 89, 90); Phân hữu cơ sinh học (STT 6) tại Danh mục bổ sung phân bón ban hành kèm theo Quyết định số 77/2005/QĐ-BNN ngày 23/11/2005 của Bộ trưởng Bộ NN&PTNT;
3. Phân hữu cơ khoáng (STT 18, 19) tại Danh mục bổ sung phân bón ban hành kèm theo Quyết định số 10/2007/QĐ-BNN ngày 06/02/2007 của Bộ trưởng Bộ NN&PTNT;
4. Phân hữu cơ sinh học (STT 1, 2) tại Danh mục bổ sung phân bón ban hành kèm theo Quyết định số 84/2007/QĐ-BNN ngày 4/10/2007 của Bộ trưởng Bộ NN&PTNT;
5. Phân hữu cơ sinh học (STT 1, 2) tại Danh mục bổ sung phân bón ban hành kèm theo Quyết định số 79/2008/QĐ-BNN ngày 8/7/2008 của Bộ trưởng Bộ NN&PTNT;
6. Phân hữu cơ sinh học (STT 19) tại Danh mục bổ sung phân bón ban hành kèm theo Thông tư 17/2009/TT-BNN ngày 27/3/2009 của Bộ trưởng Bộ NN&PTNT;
7. Phân hữu cơ khoáng (STT 5); Phân hữu cơ vi sinh (STT 1) tại Danh mục bổ sung phân bón ban hành kèo theo Thông tư số 62/2009/TT-BNNPTNT ngày 25/9/2009 của Bộ trưởng Bộ NN&PTNT;