Điều 4. Quy trình thanh quyết toán chi phí thực hiện vận tải phục vụ nhiệm vụ đặc biệt
1. Trong thời gian 90 ngày sau khi thực hiện xong nhiệm vụ đặc biệt, doanh nghiệp kinh doanh vận tải đường sắt nộp 01 bộ hồ sơ thanh quyết toán chi phí thực hiện vận tải phục vụ nhiệm vụ đặc biệt theo quy định tại Điều 3 Thông tư này gửi về Cục Đường sắt Việt Nam.
Hồ sơ gửi về Cục Đường sắt Việt Nam bằng hình thức gửi trực tiếp qua đường công văn hoặc gửi qua hệ thống bưu chính.
Trường hợp hồ sơ thanh quyết toán chi phí thực hiện vận tải phục vụ nhiệm vụ đặc biệt chưa đủ theo quy định thì trong thời hạn 03 ngày làm việc kể từ khi nhận được hồ sơ, Cục Đường sắt Việt Nam có văn bản yêu cầu đơn vị bổ sung hồ sơ theo quy định.
2. Cục Đường sắt Việt Nam tổ chức kiểm tra xét duyệt quyết toán chi phí thực hiện vận tải phục vụ nhiệm vụ đặc biệt và báo cáo Bộ Giao thông vận tải kết quả xét duyệt trong thời gian 15 ngày kể từ ngày nhận đủ hồ sơ hợp lệ.
3. Bộ Giao thông vận tải chủ trì, phối hợp với cơ quan quản lý nhà nước có thẩm quyền quy định tại khoản 1 Điều 46 Nghị định số 65/2018/NĐ-CP, thẩm định báo cáo quyết toán chi phí thực hiện vận tải phục vụ nhiệm vụ đặc biệt và có văn bản gửi Bộ Tài chính để làm cơ sở quyết toán với ngân sách nhà nước.
4. Việc bố trí nguồn vốn ngân sách và thanh toán chi phí hỗ trợ thực hiện nhiệm vụ đặc biệt cho doanh nghiệp kinh doanh vận tải đường sắt được thực hiện theo hướng dẫn của Bộ Tài chính và quy định của pháp luật.