Điều 11. Xử lý các vấn đề phát sinh trong thời gian chuyển tiếp:
1. Đối với các cơ sở nhà, đất của cơ quan hành chính, đơn vị sự nghiệp, các tổ chức đã được cơ quan nhà nước có thẩm quyền phê duyệt phương án sắp xếp lại, xử lý trước ngày Thông tư này có hiệu lực thi hành mà vẫn chưa thực hiện xong việc di dời các hộ gia đình, cá nhân đã được bố trí làm nhà ở ra khỏi khuôn viên cơ sở nhà, đất (nếu có) thì được áp dụng theo quy định tại Thông tư này.
2. Đối với các cơ sở nhà, đất đã được cơ quan nhà nước có thẩm quyền phê duyệt phương án bồi thường, hỗ trợ, chuyển nhượng quyền sử dụng đất, chuyển mục đích sử dụng đất quy định tại khoản 2 Điều 12 Quyết định số 09/2007/QĐ-TTg thì tiếp tục thực hiện theo phương án đã được cấp có thẩm quyền quyết định. Riêng về trình tự thủ tục, hồ sơ thực hiện hỗ trợ dự án đầu tư nếu đến thời điểm Thông tư này có hiệu lực thi hành mà chưa thực hiện thì thực hiện theo quy định tại điểm 5.2.7 khoản 2 Điều 9 Thông tư này.
3. Đối với các cơ sở nhà, đất của công ty nhà nước chuyển đổi sở hữu được xử lý như sau:
3.1. Trường hợp đến ngày Thông tư này có hiệu lực thi hành mà phương án chuyển đổi sở hữu đối với công ty nhà nước chưa được cơ quan nhà nước có thẩm quyền phê duyệt thì khi phê duyệt phương án chuyển đổi sở hữu, cơ quan nhà nước có thẩm quyền cần căn cứ vào phương án sắp xếp lại, xử lý nhà, đất thuộc sở hữu nhà nước đã được phê duyệt; Trường hợp phương án sắp xếp lại, xử lý nhà, đất chưa được phê duyệt thì được ưu tiên xử lý trước để đảm bảo tiến độ chuyển đổi sở hữu đối với công ty nhà nước.
3.2. Trường hợp đã được cơ quan nhà nước có thẩm quyền quyết định bán tài sản trên đất và chuyển nhượng quyền sử dụng đất, đã nộp tiền bán tài sản trên đất và chuyển nhượng quyền sử dụng đất vào tài khoản tạm giữ tại kho bạc nhà nước, nay công ty đó đã chuyển thành công ty cổ phần, công ty trách nhiệm hữu hạn từ hai thành viên trở lên mà có dự án đầu tư được cấp có thẩm quyền phê duyệt thì việc hỗ trợ để thực hiện dự án đầu tư do Thủ tướng Chính phủ quyết định (đối với dự án có tổng mức đầu tư từ 100 tỷ đồng trở lên), Bộ trưởng Bộ Tài chính quyết định (đối với dự án có tổng mức đầu tư dưới 100 tỷ đồng của công ty cổ phần, công ty trách nhiệm hữu hạn từ hai thành viên trở lên thuộc trung ương quản lý), Chủ tịch Uỷ ban nhân dân cấp tỉnh quyết định (đối với dự án có tổng mức đầu tư dưới 100 tỷ đồng của công ty cổ phần, công ty trách nhiệm hữu hạn từ hai thành viên trở lên thuộc địa phương quản lý) khi đủ các điều kiện sau:
a) Số tiền được cấp để thực hiện dự án đầu tư xây dựng, nâng cấp, cải tạo trụ sở làm việc được cấp có thẩm quyền phê duyệt được tính tăng phần vốn góp nhà nước tại công ty;
b) Việc tăng vốn góp nhà nước tại công ty phải được Đại Hội đồng cổ đông, Hội đồng thành viên thông qua theo quy định của pháp luật doanh nghiệp và Điều lệ công ty;
c) Số tiền hỗ trợ phải phù hợp với quy mô, tính chất của dự án đầu tư và đảm bảo sự cần thiết phải đầu tư vốn của ngân sách nhà nước vào doanh nghiệp.