Điều 5. Quản lý và sử dụng phí
1. Tổ chức thu phí phải nộp 100% tiền phí thu được vào ngân sách nhà nước. Nguồn chi phí trang trải cho hoạt động thẩm định, thu phí do ngân sách nhà nước bố trí trong dự toán của tổ chức thu theo chế độ, định mức chi ngân sách nhà nước theo quy định của pháp luật.
2. Trường hợp tổ chức thu phí là cơ quan nhà nước thuộc diện khoán chi phí hoạt động từ nguồn thu phí theo quy định tại khoản 1 Điều 4 Nghị định số 120/2016/NĐ-CP ngày 23 tháng 8 năm 2016 của Chính phủ quy định chi tiết và hướng dẫn thi hành một số điều của Luật phí và lệ phí thì được trích để lại 90% tổng số tiền phí thẩm định thu được để chi cho hoạt động thẩm định, thu phí và nộp 10% vào ngân sách nhà nước. Tiền phí được để lại được quản lý và sử dụng theo quy định tại Điều 5 Nghị định số 120/2016/NĐ-CP ngày 23 tháng 8 năm 2016 của Chính phủ quy định chi tiết và hướng dẫn thi hành một số điều của Luật phí và lệ phí; trong đó, các khoản chi khác liên quan đến thực hiện thẩm định và thu phí, bao gồm cả: Chi phí kiểm tra, đánh giá tại cơ sở, tại địa điểm thực hiện dự án và tổ chức họp của hội đồng thẩm định (chi lấy ý kiến, bản nhận xét thẩm định, báo cáo thẩm định); mức chi theo quy định tại Thông tư số 02/2017/TT-BTC ngày 06 tháng 01 năm 2017 của Bộ trưởng Bộ Tài chính hướng dẫn quản lý kinh phí sự nghiệp bảo vệ môi trường và các văn bản sửa đổi, bổ sung hoặc thay thế (nếu có).