Điều 4. Thông tư này có hiệu lực thi hành sau 45 ngày, kể từ ngày ký và thay thế Quyết định số 63/2007/QĐ-BTC ngày 18/7/2007 của Bộ Tài chính quy định chế độ thu, nộp, quản lý và sử dụng phí y tế dự phòng và phí kiểm dịch y tế biên giới.
Đối với khoản thu "phí kiểm tra y tế người nhập cảnh vào Việt Nam qua cửa khẩu đường bộ" mà một số đơn vị có chức năng vế y tế dự phòng đang thu theo Quyết định số 63/2007/QĐ-BTC ngày 18/7/2007 của Bộ Tài chính quy định chế độ thu, nộp, quản lý và sử dụng phí y tế dự phòng và phí kiểm dịch y tế biên giới, nay không thu theo Thông tư này. Kinh phí để thực hiện công tác kiểm tra y tế người nhập cảnh vào Việt Nam được ngân sách nhà nước trang trải.