Điều 128. Thủ tục nộp, tiếp nhận và xử lý hồ sơ thanh khoản, xét hoàn thuế, không thu thuế
1. Việc nộp, tiếp nhận hồ sơ thanh khoản, xét hoàn thuế, không thu thuế thực hiện theo quy định tại Điều 59 Luật Quản lý thuế.
2. Hồ sơ thanh khoản, xét hoàn thuế, không thu thuế được phân loại thành hai loại: hồ sơ thuộc diện kiểm tra trước, hoàn thuế sau và hồ sơ thuộc diện hoàn thuế trước, kiểm tra sau.
3. Hồ sơ thuộc diện kiểm tra trước hoàn thuế sau là hồ sơ của người nộp thuế thuộc một trong các trường hợp:
a) Yêu cầu hoàn thuế, không thu thuế theo quy định của Điều ước quốc tế mà Cộng hoà xã hội chủ nghĩa Việt Nam là thành viên.
b) Người nộp thuế lần đầu đề nghị cơ quan hải quan hoàn thuế, không thu thuế.
Trường hợp người nộp thuế chứng minh được không thuộc diện hoàn thuế lần đầu và không thuộc các trường hợp phải kiểm tra trước hoàn sau khác thì cơ quan quản lý thuế chuyển hồ sơ hoàn thuế sang diện hoàn thuế trước kiểm tra sau.
c) Người nộp thuế đề nghị hoàn thuế trong thời hạn 02 năm, kể từ thời điểm bị xử lý về hành vi trốn thuế, gian lận về thuế.
d) Hàng hoá trong bộ hồ sơ hoàn thuế không thực hiện thanh toán qua ngân hàng theo quy định hoặc người nộp thuế còn nợ chứng từ thanh toán qua ngân hàng tại thời điểm nộp hồ sơ đề nghị cơ quan hải quan hoàn thuế.
Chứng từ thanh toán qua ngân hàng thực hiện theo hướng dẫn tại Phụ lục I kèm theo Thông tư này.
e) Doanh nghiệp đang trong thời gian làm thủ tục sáp nhập, hợp nhất, chia tách, giải thể, phá sản, chuyển đổi hình thức sở hữu, chấm dứt hoạt động; giao, bán, khoán, cho thuê doanh nghiệp nhà nước.
g) Hết thời hạn theo thông báo của cơ quan hải quan nhưng người nộp thuế không giải trình thông tin, tài liệu hoặc không bổ sung hồ sơ hoàn thuế, không thu thuế theo yêu cầu.
h) Hàng hóa nhập khẩu là ô tô, linh kiện và phụ tùng ôtô; xe mô tô (xe máy), linh kiện và phụ tùng xe môtô (xe máy); xăng dầu, sắt thép; hàng hoá nhập khẩu thuộc đối tượng nêu tại Điều 8, Điều 10 Nghị định 12/2006/NĐ-CP; hàng hóa nhập khẩu khác thuộc diện nhà nước quản lý theo quy định của pháp luật.
i) Hồ sơ đề nghị hoàn thuế xuất khẩu, nhập khẩu đối với hàng hoá xuất khẩu nhưng phải nhập khẩu trở lại Việt Nam hoặc hàng hoá nhập khẩu nhưng phải tái xuất khẩu trả lại hoặc xuất sang nước thứ ba hoặc tái xuất vào khu phi thuế quan làm thủ tục hải quan tại các địa điểm khác địa điểm làm thủ tục xuất khẩu, nhập khẩu ban đầu.
k) Hồ sơ đề nghị hoàn thuế nhập khẩu đối với hàng hóa là nguyên liệu, vật tư nhập khẩu để sản xuất hàng hoá xuất khẩu vào khu phi thuế quan; hồ sơ hoàn thuế đối với hàng hóa nhập khẩu nhưng phải tái xuất vào khu phi thuế quan.
4. Hồ sơ thuộc diện hoàn thuế trước kiểm tra sau là hồ sơ của người nộp thuế không thuộc diện kiểm tra trước hoàn thuế sau được nêu tại khoản 3 Điều này.
5. Đối với hồ sơ thuộc diện thanh khoản, kiểm tra trước; hoàn thuế, không thu thuế sau, cơ quan hải quan thực hiện tuần tự các bước công việc sau và dừng lại ở bước xác định được kết quả kiểm tra cho thấy hàng đã thực xuất thì hoàn thuế, không thu thuế:
a) Kiểm tra sơ bộ hồ sơ, đối chiếu tính thống nhất, hợp lệ của hồ sơ, số tiền thuế đề nghị hoàn và số thuế của tờ khai tương ứng trên hệ thống KT559; kiểm tra chứng từ, sổ sách kế toán, phiếu nhập xuất kho, chứng từ thanh toán tiền hàng;
b) Kiểm tra về việc hạch toán kế toán; định mức tiêu hao nguyên liệu, vật tư; thực tế hoạt động sản xuất, kinh doanh của đơn vị.
Tuỳ từng trường hợp Chi cục trưởng Chi cục Hải quan quyết định việc kiểm tra hồ sơ chứng từ kế toán tại trụ sở doanh nghiệp.
c) Kiểm tra xác minh đối chiếu các giao dịch kinh doanh với các tổ chức, cá nhân khác có liên quan trong trường hợp qua kiểm tra phát hiện vụ việc có tính chất phức tạp, cần tiến hành kiểm tra thêm;
d) Trường hợp qua kiểm tra, xác định không thuộc đối tượng được hoàn thuế, không thu thuế thì cơ quan hải quan thông báo cho người nộp thuế biết lý do không thanh khoản hoàn thuế, không thu thuế;
e) Trường hợp qua kiểm tra xác định thuộc đối tượng hoàn thuế, không thu thuế, kê khai của người nộp thuế là chính xác thì cơ quan hải quan ban hành quyết định hoàn thuế, không thu thuế theo kê khai của người nộp thuế chậm nhất trong thời hạn sáu mươi ngày, kể từ ngày nhận được đủ hồ sơ hoàn thuế, không thu thuế.
6. Đối với hồ sơ hoàn thuế, không thu thuế trước; thanh khoản, kiểm tra sau, cơ quan hải quan kiểm tra sơ bộ hồ sơ, đối chiếu tính thống nhất, hợp pháp của hồ sơ, số tiền thuế đề nghị hoàn và số thuế của tờ khai tương ứng trên hệ thống KT559 và xử lý như sau:
a) Nếu thuộc đối tượng hoàn thuế, không thu thuế, kê khai của người nộp thuế là chính xác thì thực hiện thanh khoản và ban hành quyết định hoàn thuế, không thu thuế theo kê khai của người nộp thuế theo mẫu số 01 Phụ lục II kèm theo Thông tư này trong thời hạn mười lăm ngày kể từ ngày nhận đủ hồ sơ hoàn thuế;
b) Trường hợp xác định không thuộc đối tượng được hoàn thuế, không thu thuế; căn cứ văn bản pháp luật quy định, cơ quan hải quan thông báo cho người nộp thuế biết lý do không hoàn thuế, không thu thuế trong thời hạn mười lăm ngày kể từ ngày nhận được hồ sơ hoàn thuế;
c) Trường hợp có cơ sở xác định kê khai của người nộp thuế chưa chính xác hoặc chưa đủ căn cứ để hoàn thuế thì thông báo cho người nộp thuế biết về việc chuyển hồ sơ sang kiểm tra trước; thanh khoản, hoàn thuế, không thu thuế sau trong thời hạn mười lăm ngày kể từ ngày nhận được hồ sơ hoàn thuế;
d) Trường hợp phải nộp chứng từ thanh toán qua ngân hàng, nhưng khi nộp hồ sơ thanh khoản, hoàn thuế người nộp thuế chưa xuất trình được chứng từ thanh toán qua ngân hàng thì xử lý như sau:
d.1) Trường hợp chưa đến hạn thanh toán trên hợp đồng xuất khẩu thì thực hiện theo qui định tại điểm c khoản 2 Điều 132.
d.2) Trường hợp chưa có chứng từ thanh toán do chưa đến hạn thanh toán nhưng doanh nghiệp đề nghị được xét hoàn thuế trước khi cung cấp được chứng từ thanh toán hoặc quá hạn thanh toán trên hợp đồng nhưng doanh nghiệp không xuất trình được chứng từ thanh toán qua ngân hàng thì chuyển hồ sơ hoàn thuế sang kiểm tra trước, hoàn thuế sau theo đúng qui định tại Điều này. Nếu qua kết quả kiểm tra xác định hàng đã thực xuất thì hoàn thuế, không thu thuế theo quy định.
d.3) Việc áp dụng thời hạn nộp thuế và các biện pháp cưỡng chế thuế đối với các trường hợp đã nộp hồ sơ thanh khoản, hoàn thuế cho cơ quan hải quan nhưng còn thiếu chứng từ thanh toán qua ngân hàng được thực hiện theo quy định tại Điều 42, Điều 93 Luật Quản lý thuế, Nghị định số 97/2007/NĐ-CP và hướng dẫn tại Điều 18 Thông tư này.
e) Sau khi ban hành quyết định hoàn thuế, không thu thuế, cơ quan hải quan thực hiện xử lý số tiền thuế, tiền phạt nộp thừa theo Điều 131 Thông tư này. Khi kiểm tra chi tiết hồ sơ hoàn thuế, không thu thuế, nếu xác định không đủ điều kiện thì cơ quan hải quan thu hồi lại quyết định hoàn thuế, không thu thuế và thực hiện ấn định thuế, xử phạt theo quy định.
7. Quá thời hạn nêu trên, nếu việc chậm ra quyết định hoàn thuế, không thu thuế do lỗi của cơ quan hải quan thì ngoài số tiền thuế phải hoàn, cơ quan hải quan còn phải trả tiền lãi tính từ ngày cơ quan hải quan phải ra quyết định hoàn thuế đến ngày cơ quan hải quan ban hành quyết định hoàn thuế.