Điều 3. Tổ chức thực hiện:
1. Thông tư này có hiệu lực thi hành sau 45 ngày, kể từ ngày ký.
2. Đối với những dự án đã được cơ quan nhà nước có thẩm quyền xác định và ra thông báo về việc nộp tiền sử dụng đất từ trước ngày Thông tư này có hiệu lực thi hành nhưng Chủ đầu tư cấp 1 chưa nộp tiền vào ngân sách nhà nước thì thực hiện như sau:
2.1. Trường hợp Chủ đầu tư cấp 1 lựa chọn việc nộp tiền sử dụng đất theo Thông báo thu của cơ quan nhà nước có thẩm quyền thì thực hiện việc nộp tiền theo số đã được thông báo đó và nộp phạt cho thời gian chậm nộp theo quy định của pháp luật về quản lý thuế.
2.2. Trường hợp Chủ đầu tư cấp 1 lựa chọn việc nộp tiền sử dụng đất theo quy định tại Nghị quyết số 33/2008/NQ-CP ngày 31 tháng 12 năm 2008 của Chính phủ, thì phải tính lại tiền sử dụng đất phải nộp và thực hiện việc thu nộp tiền sử dụng đất theo hướng dẫn tại Thông tư này.
3. Trường hợp dự án đã được cơ quan nhà nước có thẩm quyền ra thông báo nộp tiền sử dụng đất và chủ đầu tư đã thực hiện nộp tiền vào ngân sách nhà nước thì nay không hồi tố để hoàn trả và xác định lại việc thu nộp tiền sử dụng đất theo Thông tư này.
Trong quá trình thực hiện nếu phát sinh vướng mắc, đề nghị các Bộ, ngành, Ủy ban nhân dân các tỉnh, thành phố trực thuộc trung ương phản ánh kịp thời về Bộ Tài chính để nghiên cứu, giải quyết./.