Điều 14. Thủ tục thu nộp thuế và lệ phí hải quan:
1. Hình thức thu nộp tiền thuế, lệ phí hải quan thực hiện theo quy định tại Thông tư 126/2014/TT-BTC ngày 28 tháng 8 năm 2014 của Bộ trưởng Bộ Tài chính quy định một số thủ tục về kê khai, thu nộp thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt và các khoản thu khác đối với hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu.
2. Doanh nghiệp chuyển phát nhanh được nộp thay tiền thuế, tiền phạt, tiền chậm nộp, tiền thuế ấn định, phí hải quan, lệ phí hàng hóa quá cảnh cho chủ hàng theo quy định pháp luật.
Trường hợp doanh nghiệp chuyển phát nhanh dự kiến phát sinh phải nộp tiền thuế, tiền phạt, tiền chậm nộp, tiền thuế ấn định, phí hải quan, lệ phí hàng hóa quá cảnh thay cho chủ hàng thì nộp vào tài khoản tiền gửi của cơ quan hải quan nơi đăng ký tờ khai tại Kho bạc Nhà nước. Số tiền thuế, phí, lệ phí phải nộp của từng tờ khai hải quan phát sinh được trừ vào số tiền nộp trước tại tài khoản tiền gửi của cơ quan hải quan nơi đăng ký tờ khai hải quan để được thông quan, giải phóng hàng hóa.
3. Trường hợp doanh nghiệp chuyển phát nhanh, đại lý hải quan sử dụng bảo lãnh chung của người nộp thuế: thư bảo lãnh chung phải được tổ chức tín dụng cho phép doanh nghiệp chuyển phát nhanh, đại lý hải quan được sử dụng.
4. Trách nhiệm của người khai hải quan là doanh nghiệp chuyển phát nhanh:
a) Tự khai, tự tính thuế, tự nộp thuế, phí, lệ phí và tự chịu trách nhiệm đối với các tờ khai hải quan có thuế, phí, lệ phí đã được làm thủ tục hải quan; tự xác định số tiền thuế, phí, lệ phí phải được nộp trước vào tài khoản tiền gửi của cơ quan hải quan nơi đăng ký tờ khai tại Kho bạc nhà nước;
b) Thực hiện thu, nộp phí, lệ phí theo quy định tại Thông tư số 86/2025/TT-BTC ngày 28/8/2025 của Bộ trưởng Bộ Tài chính quy định mức thu, chế độ thu, nộp, quản lý và sử dụng phí hải quan và lệ phí hàng hóa, phương tiện vận tải quá cảnh;
c) Trường hợp nộp tiền vào tài khoản tiền gửi của cơ quan hải quan quy định tại khoản 2 Điều này: khi khai tờ khai hải quan phải kê khai chỉ tiêu “người nộp thuế” là mã 2, kê khai chỉ tiêu “mã xác định thời hạn nộp thuế” là mã D. Số tiền thuế phải nộp của từng tờ khai hải quan phát sinh được trừ vào số tiền nộp trước tại tài khoản tiền gửi của cơ quan hải quan nơi đăng ký tờ khai để được thông quan hàng hóa;
d) Trường hợp sử dụng bảo lãnh chung quy định tại khoản 3 Điều này, việc xử lý thanh toán bù trừ, cập nhật số dư và quản lý bảo lãnh thực hiện theo quy định tại Điều 43 Thông tư số 38/2015/TT-BTC được sửa đổi, bổ sung bởi khoản 24 Điều 1 và khoản 1 Điều 2 Thông tư số 39/2018/TT-BTC;
đ) Trường hợp doanh nghiệp chuyển phát nhanh sử dụng biên lai:
đ.1) Phát hành Biên lai thu thuế, phí, lệ phí để trả cho chủ hàng theo quy định tại khoản 2 Điều 4 Nghị định số 254/2026/NĐ-CP ngày 30/6/2026 quy định chi tiết một số điều và biện pháp để tổ chức, hướng dẫn thi hành Luật Quản lý thuế số 108/2025/QH15 về hóa đơn điện tử, chứng từ điện tử;
đ.2) Việc đăng ký sử dụng Biên lai, định dạng Biên lai, xử lý Biên lai đã lập, ký hiệu mẫu, ký hiệu Biên lai và mẫu biên lai thực hiện theo quy định tại Nghị định số 254/2026/NĐ-CP;
đ.3) Doanh nghiệp chuyển phát nhanh có trách nhiệm phối hợp với Hải quan nơi đăng ký tờ khai thực hiện việc đối chiếu các chứng từ thu, nộp ngân sách nhà nước theo quy định pháp luật về quản lý thuế.
5. Trách nhiệm của Hải quan cửa khẩu, Hải quan ngoài cửa khẩu:
a) Đối với trường hợp nộp thuế, lệ phí hải quan bằng tiền mặt:
a.1) Phát hành Biên lai thu thuế và Biên lai thu lệ phí hải quan cho từng tờ khai hải quan có số tiền thuế, lệ phí hải quan đã nộp và thực hiện các quy định tại Mục 5, Chương II Thông tư số 38/2015/TT-BTC được sửa đổi, bổ sung bởi khoản 24, khoản 25, khoản 26, khoản 27 Điều 1 Thông tư số 39/2018/TT-BTC.
a.2) Đối với tổng số tiền thuế, lệ phí thu được trong ngày làm việc, Chi cục quan hải quan phải lập hồ sơ nộp tiền vào ngân sách nhà nước chuyển nộp Kho bạc Nhà nước theo quy định gom: Giấy nộp tiền vào ngân sách nhà nước chuyển nộp Kho bạc Nhà nước theo quy định (01 bản chính) và Bản kê tờ khai - tiền thuế phát sinh chuyển nộp Ngân sách Nhà nước thu được của từng lô hàng thực tế xuất khẩu, nhập khẩu trong ngày theo Mẫu HQ 03-BKTK-TT tại Phụ lục I ban hành kèm Thông tư này (01 bản chính).
b) Đối với trường hợp doanh nghiệp chuyển phát nhanh nộp tiền trước vào tài khoản tiền gửi của cơ quan hải quan nơi đăng ký tờ khai tại Kho bạc Nhà nước:
b.1) Công chức hải quan căn cứ nội dung tính thuế trên tờ khai hải quan, để xác định số tiền thuế phải nộp của từng tờ khai hải quan phát sinh thuế trong ngày trừ vào số tiền nộp trước;
b.2) Định kỳ hàng ngày hoặc một tuần/01 (một) lần, Chi cục hải quan nơi đăng ký tờ khai lập giấy nộp tiền vào ngân sách nhà nước theo quy định, kèm theo Bản tổng hợp tiền thuế trích từ tài khoản tiền gửi chuyển nộp Ngân sách Nhà nước (tổng hợp chi tiết số tờ khai hải quan, sắc thuế, số tiền doanh nghiệp chuyển phát nhanh kê khai đã trừ lùi để trích tiền từ tài khoản tiền gửi chuyển nộp Ngân sách Nhà nước) theo Mẫu HQ 04-BTH-TT tại Phụ lục I ban hành kèm Thông tư này và gửi 01 bản cho doanh nghiệp chuyển phát nhanh khi có yêu cầu để đối chiếu số tiền đã nộp;
c) Đối với trường hợp sử dụng bảo lãnh chung:
Thực hiện theo quy định tại khoản 1, khoản 2, khoản 4, khoản 5 Điều 43 Thông tư số 38/2015/TT-BTC được sửa đổi, bổ sung bởi khoản 24 Điều 1 Thông tư số 39/2018/TT-BTC.