Điều 4. Thông tư này có hiệu lực thi hành kể từ ngày 10/1/2011. Thông tư này thay thế Quyết định số 28/2006/QĐ-BTC ngày 5/5/2006 và Quyết định số 28/2005/QĐ-BTC ngày 13/5/2005 của Bộ trưởng Bộ Tài chính Ban hành Biểu mức thu phí, lệ phí cấp phép và quản lý tên miền, địa chỉ Internet của Việt Nam.
Các vấn đề khác liên quan đến việc thu, nộp, quản lý, sử dụng và công khai chế độ thu phí, lệ phí không đề cập tại Thông tư này được thực hiện theo hướng dẫn tại Thông tư số 63/2002/TT-BTC ngày 24/7/2002 và Thông tư số 45/2006/TT-BTC ngày 25/5/2006 sửa đổi, bổ sung Thông tư số 63/2002/TT-BTC ngày 24/7/2002 của Bộ Tài chính hướng dẫn thực hiện các quy định pháp luật về phí và lệ phí; Thông tư số 60/2007/TT-BTC ngày 14/6/2007 và Thông tư số 157/2009/TT-BTC ngày 06/8/2009 sửa đổi, bổ sung Thông tư số 60/2007/TT-BTC ngày 14/6/2007 của Bộ Tài chính hướng dẫn thi hành một số điều của Luật Quản lý thuế và hướng dẫn thi hành Nghị định số 85/2007/NĐ-CP ngày 25/5/2007 của Chính phủ quy định chi tiết thi hành một số điều của Luật Quản lý thuế.