Điều 5. Quản lý và sử dụng phí
1. Tổ chức thu phí phải nộp 100% tiền phí thu được vào ngân sách nhà nước. Nguồn chi phí trang trải cho hoạt động thẩm định, thu phí do ngân sách nhà nước bố trí trong dự toán của tổ chức thu theo chế độ, định mức chi ngân sách nhà nước theo quy định của pháp luật.
2. Tổ chức thu phí thuộc diện được khoán chi phí hoạt động từ nguồn thu phí theo quy định tại khoản 1 Điều 4 Nghị định số 120/2016/NĐ-CP ngày 23 tháng 8 năm 2016 của Chính phủ quy định chi tiết và hướng dẫn thi hành một số điều của Luật phí và lệ phí thì được trích để lại 80% trên tổng số tiền phí thẩm định thực thu được để chi cho hoạt động thẩm định, thu phí và nộp 20% vào ngân sách nhà nước.
Số tiền được để lại được quản lý và sử dụng theo quy định tại Điều 5 Nghị định số 120/2016/NĐ-CP ngày 23 tháng 8 năm 2016 của Chính phủ quy định chi tiết và hướng dẫn thi hành một số điều của Luật phí và lệ phí; trong đó, các khoản chi khác liên quan đến thực hiện công việc, dịch vụ và thu phí, bao gồm cả: Chi phí cho hoạt động kiểm tra, đánh giá và tổ chức họp của Tổ chuyên gia; Hội đồng thẩm định (bao gồm cả chi nhận xét, báo cáo thẩm định) hồ sơ cấp giấy chứng nhận an toàn sinh học biến đổi gen đối với cây trồng; mức chi theo quy định tại Thông tư liên tịch số 45/2010/TTLT-BTC-BTNMT ngày 30 tháng 3 năm 2010 của Bộ Tài chính và Bộ Tài nguyên và Môi trường hướng dẫn quản lý kinh phí sự nghiệp môi trường và các văn bản sửa đổi, bổ sung hoặc thay thế (nếu có).