Điều 9. Quản lý và sử dụng phí
1. Đối với phí thu từ xe ô tô
a) Văn phòng Quỹ được trích để lại một phần trăm (1%) số tiền phí thực thu để trang trải chi phí quản lý hoạt động thu phí sử dụng đường bộ theo quy định.
Số tiền còn lại (99%), cơ quan thu phí phải nộp vào tài khoản của Quỹ bảo trì đường bộ trung ương mở tại Kho bạc Nhà nước trong thời hạn tối đa không quá 03 ngày làm việc kể từ ngày thu phí.
b) Đối với các cơ quan đăng kiểm
b.1) Cơ quan thu phí được trích để lại một phần trăm (1%) số tiền phí sử dụng đường bộ thực thu để chi cho các nội dung sau:
- Trang trải chi phí tổ chức thu theo quy định;
- Các cơ quan đăng kiểm (cơ quan thu phí) trích chuyển về Cục Đăng kiểm Việt Nam ba phần trăm (3%) số tiền phí được để lại, để phục vụ công tác quản lý thu, nộp phí sử dụng đường bộ (bao gồm: chi phí xây dựng phần mềm, xây dựng cơ sở dữ liệu, thuê bao đường truyền internet dành riêng, tập huấn nghiệp vụ, thanh tra, kiểm tra và các chi phí có liên quan khác) của hệ thống cơ quan đăng kiểm trên toàn quốc.
b.2) Trả lại tiền phí đối với các trường hợp không chịu phí quy định tại khoản 2 Điều 2 Thông tư này.
b.3) Số tiền còn lại (sau khi trừ số tiền quy định tại điểm b.1 và điểm b.2 Khoản này) cơ quan thu phí chuyển về Cục Đăng kiểm Việt Nam, để Cục Đăng kiểm Việt Nam nộp vào tài khoản của Quỹ bảo trì đường bộ trung ương mở tại Kho bạc Nhà nước trong thời hạn tối đa không quá 03 ngày làm việc kể từ ngày thu phí, việc chuyển tiền có thể thực hiện thông qua các ngân hàng thương mại.
c) Cơ quan thu phí không phải thực hiện khai, nộp phí với cơ quan thuế. Cục Đăng kiểm Việt Nam chịu trách nhiệm báo cáo Văn phòng Quỹ về thu, nộp phí đối với số tiền phí thu được từ các cơ quan đăng kiểm trên cả nước.
3. Số tiền được để lại chi tổ chức thu
Trường hợp cơ quan thu phí hạch toán theo cơ chế tài chính doanh nghiệp số tiền phí được để lại là doanh thu của cơ quan; trường hợp cơ quan thu phí là đơn vị hành chính, sự nghiệp số tiền phí được để lại được hòa chung vào nguồn kinh phí của cơ quan và quản lý, sử dụng theo quy định Luật ngân sách nhà nước.