Điều 12. Tổ chức thực hiện
1. Trách nhiệm của cơ quan Hải quan:
a) Cơ quan hải quan bố trí lực lượng, phương tiện, thiết bị kiểm tra hàng hóa đáp ứng điều kiện kiểm tra, giám sát, kiểm soát đối với hàng hóa, phương tiện vận tải vào, ra khu phi thuế quan thuộc khu kinh tế cửa khẩu đảm bảo phòng, chống buôn lậu, vận chuyển trái phép hàng hóa qua biên giới. Tổ chức kiểm tra thực tế đối với toàn bộ hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu thuộc diện được ưu đãi về thuế theo quy định tại Quyết định số 72/2013/QĐ-TTg và Thông tư này thuộc địa bàn quản lý.
b) Tổng cục Hải quan có trách nhiệm hướng dẫn các Cục Hải quan định kỳ hàng năm thực hiện kiểm tra sau thông quan đối với những doanh nghiệp có doanh số kinh doanh hàng hóa được ưu đãi thuế cao và có rủi ro cao về quản lý rủi ro, báo cáo kết quả kiểm tra về Tổng cục Hải quan để Tổng cục Hải quan báo cáo Bộ Tài chính trước ngày 30 tháng 3 năm sau.
c) Tổ chức thực hiện pháp luật về thuế, hải quan đối với hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu, bao gồm cả hàng hóa mua tại cửa hàng, siêu thị trong khu phi thuế quan đưa vào nội địa theo đúng quy định và hướng dẫn tại Thông tư số 128/2013/TT-BTC.
d) Tăng cường phối hợp với các cơ quan chức năng có liên quan ngăn chặn, xử lý các hàng vi gian lận, lợi dụng chính sách để kinh doanh trái pháp luật.
2. Trách nhiệm của cơ quan Thuế:
a) Đối với nhóm hàng hóa, dịch vụ từ các khu chức năng khác trong khu kinh tế cửa khẩu hoặc từ nội địa Việt Nam bán vào khu phi thuế quan thuộc khu kinh tế cửa khẩu được áp dụng mức thuế suất thuế giá trị gia tăng 0%, cơ quan thuế quản lý doanh nghiệp bên bán thực hiện kiểm tra trước hoàn thuế như sau:
a.1) Phân loại hồ sơ đề nghị hoàn thuế giá trị gia tăng liên quan đến hàng hóa, dịch vụ nêu trên thuộc diện kiểm tra trước, hoàn thuế sau.
a.2) Kiểm tra điều kiện khấu trừ, hoàn thuế giá trị gia tăng đối với hàng hóa xuất khẩu (hợp đồng xuất khẩu, tờ khai hàng hóa xuất khẩu, chứng từ thanh toán qua ngân hàng, hóa đơn bán hàng) theo quy định.
a.3) Phối hợp với cơ quan thuế quản lý trực tiếp khu kinh tế cửa khẩu kiểm tra doanh nghiệp bên mua trong khu phi thuế quan thuộc khu kinh tế cửa khẩu (địa chỉ, mã số thuế, tình trạng hoạt động...), cụ thể:
- Doanh nghiệp bên bán chỉ được hoàn thuế giá trị gia tăng đối với hàng hóa, dịch vụ bán cho doanh nghiệp bên mua có trụ sở chính đóng trong khu phi thuế quan thuộc khu kinh tế cửa khẩu và đang hoạt động.
- Doanh nghiệp bên bán chỉ được hoàn thuế giá trị gia tăng đối với hàng hóa, dịch vụ bán vào trong khu phi thuế quan thuộc khu kinh tế cửa khẩu khi hàng hóa, dịch vụ đã được doanh nghiệp bên mua tiêu dùng (như: vật liệu xây dựng đã dùng để xây dựng công trình,...) trong khu phi thuế quan thuộc khu kinh tế cửa khẩu hoặc doanh nghiệp bên mua đã kê khai thuế giá trị gia tăng đối với hàng hóa, dịch vụ mua vào với cơ quan thuế quản lý khu kinh tế cửa khẩu.
a.4) Ngoài nội dung kiểm tra hoàn thuế như trên, cơ quan thuế thực hiện:
- Kiểm tra các nghiệp vụ kinh tế phát sinh khác và chứng từ, sổ sách liên quan như: Mua, bán; xuất, nhập, tồn kho hàng hóa; chi phí vận chuyển, bốc xếp, chi phí kinh doanh; định mức kinh tế-kỹ thuật của hoạt động sản xuất, xây dựng...
- Xác minh, đối chiếu hóa đơn đầu vào, hóa đơn bán hàng.
b) Trường hợp nhóm hàng hóa nêu tại điểm a nêu trên tiếp tục được bán từ khu phi thuế quan thuộc khu kinh tế cửa khẩu vào các khu chức năng khác thuộc khu kinh tế cửa khẩu hoặc vào nội địa thì phải làm thủ tục hải quan và tính thu thuế giá trị gia tăng như đối với hàng hóa nhập khẩu.
- Kiểm tra các nghiệp vụ kinh tế phát sinh khác và chứng từ, sổ sách liên quan như: Mua, bán; xuất, nhập, tồn kho hàng hóa; chi phí vận chuyển, bốc xếp, chi phí kinh doanh; định mức kinh tế-kỹ thuật của hoạt động sản xuất, xây dựng.
- Xác minh, đối chiếu hóa đơn đầu vào, hóa đơn bán hàng; xác minh trụ sở, địa chỉ kinh doanh, mã số thuế, tình trạng hoạt động của người mua trong khu phi thuế quan.
c) Định kỳ hàng quý thực hiện báo cáo Bộ Tài chính tình hình hoàn thuế giá trị gia tăng theo quy định tại Quy trình hoàn thuế, trong đó Báo cáo tổng hợp kết quả hoàn thuế chi tiết thêm dòng báo cáo kết quả hoàn thuế giá trị gia tăng đầu vào đối với hàng hóa xuất khẩu vào khu kinh tế cửa khẩu.
3. Trách nhiệm của doanh nghiệp kinh doanh bán hàng miễn thuế tại khu phi thuế quan thuộc khu kinh tế cửa khẩu:
a) Thương nhân chỉ được phép kinh doanh bán hàng miễn thuế cho khách du lịch khu phi thuế quan khi có cửa hàng nằm trong quy hoạch chi tiết xây dựng các khu chức năng được duyệt, có giấy phép hoạt động kinh doanh bán hàng miễn thuế do cơ quan có thẩm quyền cấp theo quy định của Ủy ban nhân dân tỉnh.
b) Thực hiện việc bán hàng miễn thuế theo đúng quy định của Quy chế mua, bán hàng miễn thuế do Uỷ ban nhân dân tỉnh ban hành và hướng dẫn tại Thông tư số 128/2013/TT-BTC.
c) Doanh nghiệp kinh doanh bán hàng miễn thuế và doanh nghiệp kinh doanh có mua, bán hàng hóa thuộc diện được miễn thuế triển khai hệ thống máy tính nối mạng với cơ quan Thuế, cơ quan Hải quan để cải cách thủ tục hành chính và phục vụ công tác quản lý hoạt động bán hàng miễn thuế theo quy định.
d) Định kỳ hàng tháng báo cáo hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu trong kỳ và báo cáo nhập-xuất-tồn với cơ quan Hải quan quản lý khu phi thuế quan để kiểm tra, theo dõi, phục vụ công tác quản lý theo hướng dẫn tại Thông tư số 128/2013/TT-BTC.