Điều 5. Quản lý và sử dụng phí
1. Tổ chức thu phí phải nộp 100% tiền phí thu được vào ngân sách nhà nước. Nguồn chi phí trang trải cho hoạt động thẩm định, thu phí do ngân sách nhà nước bố trí trong dự toán của tổ chức thu phí theo chế độ, định mức chi ngân sách nhà nước theo quy định của pháp luật.
2. Trường hợp tổ chức thu phí là cơ quan nhà nước được khoán chi phí hoạt động từ nguồn thu phí theo quy định tại khoản 1 Điều 4 Nghị định số 120/2016/NĐ-CP ngày 23 tháng 8 năm 2016 của Chính phủ quy định chi tiết và hướng dẫn thi hành một số điều của Luật Phí và lệ phí thì được trích để lại 70% tổng số tiền phí thu được để chi cho hoạt động thẩm định, thu phí và nộp 30% tổng số tiền phí thu được vào ngân sách nhà nước.
a) Tiền phí được đề lại được quản lý và sử dụng theo quy định tại Điều 5 Nghị định số 120/2016/NĐ-CP; trong đó, các khoản chi khác liên quan đến thực hiện thẩm định và thu phí, bao gồm cả: Chi phí kiểm tra, đánh giá tại cơ sở, tại địa điểm thực hiện dự án và tổ chức họp của hội đồng thẩm định (chi lấy ý kiến, bản nhận xét thẩm định, báo cáo thẩm định); mức chi theo quy định tại Thông tư số 02/2017/TT-BTC ngày 06 tháng 01 năm 2017 của Bộ trưởng Bộ Tài chính hướng dẫn quản lý kinh phí sự nghiệp bảo vệ môi trường.
b) Sau khi quyết toán thu, chi đúng chế độ, số tiền phí trong năm được trích để lại chưa chi được chuyển sang năm sau để tiếp tục chi theo chế độ quy định; trường hợp hết 02 năm kể từ năm được chuyển nguồn, số tiền phí đã được chuyển nguồn không còn nhiệm vụ chi phải nộp toàn bộ vào ngân sách nhà nước.