Điều 6. Nhiệm vụ và quyền hạn của CCBNLTS:
1- Xây dựng các dự thảo văn bản trình UBND tỉnh ban hành, nhằm quy định và hướng dẫn các hoạt động khai thác, nuôi trồng và bảo vệ nguồn lợi thủy sản.
2- Tổ chức thực hiện và hướng dẫn cho các cơ quan Nhà nước, các tổ chức xã hội, tổ chức kinh tế, đơn vị lực lượng vũ trang và mọi công dân chấp hành nghiêm chỉnh các văn bản pháp luật về bảo vệ, phát triển nguồn lợi thủy sản và bản quy định này.
3- Tổ chức thanh tra, kiểm soát các hoạt động khai thác, nuôi trồng thủy sản, các hoạt động sản xuất kinh doanh và vận chuyển thủy sản; kiểm dịch sản phẩm động vật thủy sản.
4- Xử lý các hành vi vi phạm các quy định về bảo vệ và phát triển nguồn lợi thủy sản theo Pháp lệnh xử lý vi phạm hành chính và nghị định số 48/CP ngày 12.08.1996 của Chính phủ về xử lý hành chính tring lĩnh vực BVNLTS.
5- Tổ chức kiểm tra, xét duyệt và cấp giấy phép hoạt động sản xuất kinh doanh thủy sản, cấp giấy chứng nhận đủ điều kiện kinh doanh theo sự phân cấp của Cục bảo vệ nguồn lợi thủy sản
6- Giải quyết các khiếu nại, tố cáo có liên quan đến hoạt động bảo vệ và phát triển nguồn lợi thủy sản.