Điều 2. Quản lý và sử dụng nguồn thu lệ phí cấp Giấy chứng nhận quyền sử dụng đất, quyền sở hữu nhà ở và tài sản khác gắn liền với đất như sau: Cơ quan thu lệ phí được để lại một phần lệ phí thu được để trang trải chi phí cần thiết cho việc thu lệ phí. Phần lệ phí để lại đơn vị thu được quản lý, sử dụng theo quy định tại Thông tư số 45/2006/TT-BTC ngày 25 tháng 5 năm 2006 của Bộ Tài chính sửa đổi, bổ sung Thông tư số 63/2002/TT-BTC ngày 24 tháng 7 năm 2002 của Bộ Tài chính hướng dẫn thực hiện các quy định pháp luật về phí và lệ phí.
Tỷ lệ để lại cụ thể:
| STT | Nội dung thu | Tỷ lệ để lại | Nộp ngân sách |
| I | Cấp Giấy chứng nhận lần đầu | ||
| 1 | Cấp giấy chứng nhận quyền sử dụng đất: | 10% | 90% |
| 2 | Cấp giấy chứng nhận quyền sử dụng đất và tài sản gắn liền với đất | 100% | 0% |
| 3 | Cấp giấy chứng nhận chỉ có tài sản gắn liền với đất | 100% | 0% |
| II | Chứng nhận đăng ký thay đổi sau khi cấp Giấy chứng nhận | ||
| 1 | Đăng ký thay đổi chỉ có quyền sử dụng đất | 10% | 90% |
| 2 | Đăng ký thay đổi có quyền sử dụng đất và tài sản gắn liền với đất (nhà ở, nhà xưởng, rừng, tài sản khác...) | 100% | 0% |
| 3 | Đăng ký thay đổi chỉ có tài sản gắn liền với đất thì áp dụng mức thu lệ phí cấp giấy chứng nhận | 100% | 0% |
| 4 | Cấp lại giấy chứng nhận quyền sử dụng đất | 100% | 0% |
| 5 | Cấp lại giấy chứng nhận mà có đăng ký thay đổi tài sản trên đất | 100% | 0% |