Điều 2. - Trung tâm có các nhiệm vụ chủ yếu sau đây:
1- Nghiên cứu khoa học về công nghệ và khai thác sử dụng hợp lý nguồn nước phục vụ sản xuất nông nghiệp, công nghiệp, dân sinh. Nghiên cứu đề xuất các giải pháp kỹ thuật phòng chống lũ, giảm nhẹ thiên tai, chỉnh trị sông, bảo vệ bờ của các sông và biển ở miền Trung và Tây nguyên.
2 - Nghiên cứu khoa học và công nghệ về thuỷ lợi phục vụ công tác tưới,tiêu, cải tạo đất ở miền Trung và Tây Nguyên.
3 - Làm nhiệm vụ cầu nối giữa Viện với các địa phương trong khu vực, phối hợp cùng các cán bộ khoa học thuộc các đơn vị trong Viện giải quyết các vấn đề khoa học và công nghệ về thủy lợi ở miền Trung và Tây Nguyên.