Điều 10: Đại hội đại biểu Hội hữu nghị Việt - Nhật toàn Thành phố là cơ quan lãnh đạo cao nhất của Hội, được triệu tập 5 năm một lần. Đại hội đại biểu Thành phố thảo luận và thông qua báo cáo công tác của Ban chấp hành Thành phố, chương trình hoạt động của Hội, thông qua và sửa đổi Quy chế, Bầu cử Ban chấp hành mới.
Ban chấp hành hội hữu nghị Việt - Nhật Thành phố họp 6 tháng một lần. Trong trường hợp cần thiết có thể họp bất thường. Ban chấp hành bầu ra Chủ tịch, Phó chủ tịch, Tổng thư ký, Uỷ viên thường vụ; Ban chấp hành có thể đề nghị bổ sung uỷ viên của Ban chấp hành sau khi báo cáo và được sự thống nhất của Liên hiệp các tổ chức hữu nghị Thành phố.
Thường trực Ban chấp hành hội gồm Chủ tịch, các Phó Chủ tịch, Tổng thư ký được phân công điều hành công việc và họp 3 tháng một lần để giải quyết những công việc cần thiết và được thông báo cho Ban chấp hành tại kỳ họp gần nhất để biết.
Ban chấp hành cần báo cáo và đề xuất với Liên hiệp các tổ chức hữu nghị Thành phố những chủ trương và hoạt động của Hội phù hợp với tôn chỉ mục đích và nhiệm vụ của Hội.
Ban chấp hành có thể lập ra các tiểu Ban chuyên môn như: Tiểu ban đối ngoại, Văn hoá, thể thao, kinh tế, du lịch, thông tin, khoa học kỹ thuật....