Điều 3. Thanh tra hải quan có Chánh thanh tra, một số Phó Chánh thanh tra và thanh tra viên; Chánh thanh tra có trách nhiệm điều hành mọi hoạt động của Thanh tra hải quan; Phó Chánh thanh tra chịu trách nhiệm trước Chánh thanh tra về nhiệm vụ được phân công.
Chánh Thanh tra hải quan do Bộ trưởng Bộ Tài chính bổ nhiệm, miễn nhiệm, cách chức theo đề nghị của Tổng cục trưởng Tổng cục Hải quan và Vụ trưởng Vụ Tổ chức cán bộ sau khi thống nhất ý kiến với Chánh thanh tra Bộ Tài chính.
Việc bổ nhiệm, miễn nhiệm, cách chức các Phó Chánh thanh tra do Tổng cục trưởng Tổng cục Hải quan quyết định theo phân cấp quản lý cán bộ, công chức.
Thanh tra hải quan có tổ chức đặt tại cơ quan Tổng cục Hải quan và các Cục Hải quan tỉnh, liên tỉnh, thành phố. Tổng cục trưởng Tổng cục Hải quan căn cứ tình hình thực tế, quy định cụ thể nhiệm vụ, quyền hạn và cơ cấu tổ chức của Thanh tra hải quan phù hợp với quy định của pháp luật.