Điều 5. Trung tâm được tổ chức, hoạt động theo chế độ Thủ trưởng. Giám đốc Trung tâm chịu trách nhiệm điều hành và quyết định mọi hoạt động của đơn vị, đồng thời chịu trách nhiệm trước Giám đốc Sở Tài nguyên và Môi trường về toàn bộ hoạt động của Trung tâm. Trung tâm có từ 01 đến 03 Phó Giám đốc giúp việc cho Giám đốc Trung tâm. Các Phó Giám đốc thực hiện nhiệm vụ theo sự phân công của Giám đốc và chịu trách nhiệm trước Giám đốc Trung tâm.
Giám đốc và các Phó Giám đốc Trung tâm do Chủ tịch Ủy ban nhân dân thành phố bổ nhiệm, miễn nhiệm theo đề nghị của Giám đốc Sở Tài nguyên và Môi trường.