Điều 3. Tổ chức bộ máy
1. Lãnh đạo Cục:
Lãnh đạo Cục có Cục trưởng và các Phó Cục trưởng do Bộ trưởng Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn bổ nhiệm theo quy định.
Cục trưởng điều hành hoạt động của Cục, chịu trách nhiệm trước Bộ trưởng Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn và trước pháp luật về hoạt động của Cục và về nhiệm vụ được giao.
Phó Cục trưởng giúp việc Cục trưởng, chịu trách nhiệm trước Cục trưởng và trước pháp luật về việc thực hiện nhiệm vụ được phân công. Số lượng Phó Cục trưởng không quá 3 người, trường hợp vượt quá phải báo cáo Bộ trưởng.
2. Bộ máy quản lý của Cục:
a) Phòng Hành chính - Tổng hợp (tổ chức);
b) Phòng Kế hoạch - Tài chính;
c) Phòng Thanh tra - Pháp chế;
d) Phòng Quản lý Quy hoạch;
đ) Phòng Tưới tiêu và cấp thoát nước nông thôn;
e) Phòng Quản lý công trình;
g) Bộ phận thường trực tại thành phố Hồ Chí Minh;
3. Tổ chức trực thuộc Cục:
a) Trung tâm Chuyển giao công nghệ quản lý nước và công trình thuỷ lợi;
Các đơn vị trực thuộc khác được thành lập, hoạt động theo quyết định của Bộ trưởng.
Cục trưởng Cục Thủy lợi quy định chức năng, nhiệm vụ, biên chế các phòng, bộ phận, các đơn vị trực thuộc; xây dựng Quy chế làm việc của Cục trình Bộ trưởng phê duyệt và tổ chức thực hiện.