Điều 3. - Cơ cấu tổ chức của Viện gồm:
a- Lãnh đạo Viện:
Có Viện trưởng và các Phó Viện trưởng, do Bộ trưởng Bộ Nông nghiệp và phát triển nông thôn bổ nhiệm hoặc miễn nhiệm theo quy định hiện hành.
b- Các Phòng giúp việc:
1- Phòng Tổ chức - Hành chính,
2- Phòng Khoa học kế hoạch và Hợp tác quốc tế,
3- Phòng Tài chính kế toán.
c- Các Phòng nghiên cứu:
1- Phòng Nghiên cứu rau và gia vị,
2- Phòng Nghiên cứu cây ăn quả,
3- Phòng Nghiên cứu bảo quản, chế biến,
4- Phòng Nghiên cứu hoa và cây cảnh,
5- Phòng Nghiên cứu kinh tế và thị trường,
6- Phòng Thí nghiệm Tổng hợp.
d- Các đơn vị trực thuộc Viện:
1 - Trung tâm Nghiên cứu cây ăn quả Phú Hộ, thành lập theo Quyết định số 259 NN-TCCB/QĐ ngày 31 tháng 5 năm 1988 của Bộ trưởng Bộ Nông nghiệp và Công nghiệp thực phẩm (nay là Bộ Nông nghiệp và phát triển nông thôn), trụ sở đặt tại thị trấn Phú Hộ, huyện Phù Ninh, tỉnh Phú Thọ;
2 -Trung tâm Nghiên cứu rau quả Xuân Mai, thành lập theo Quyết định số 244/NN-TCCB/QĐ ngày 24 tháng 6 năm 1993 của Bộ trưởng Bộ Nông nghiệp và Công nghiệp thực phẩm (nay là Bộ Nông nghiệp và phát triển nông thôn), trụ sở đặt tại xã Thuỷ Xuân Tiên, huyện Chương Mỹ, tỉnh Hà Tây;
3 - Trung tâm Nghiên cứu cây ăn quả Phủ Quỳ, thành lập theo Quyết định số 159 NN-TCCB/QĐ ngày 05 tháng 4 năm 1988 của Bộ trưởng Bộ Nông nghiệp và Công nghiệp thực phẩm (nay là Bộ Nông nghiệp và phát triển nông thôn), trụ sở đặt tại xã Nghĩa Quang, huyện Nghĩa Đàn, tỉnh Nghệ An;
4 - Trung tâm Nghiên cứu thực nghiệm Rau quả Gia Lâm, thành lập theo Quyết định số 391/NN-TCCB/QĐ ngày 18 tháng 11 năm 1985 của Bộ trưởng Bộ Nông nghiệp (nay là Bộ Nông nghiệp và phát triển nông thôn), trụ sở đặt tại xã Trâu Quỳ, huyện Gia Lâm, thành phố Hà Nội;
Các Trung tâm được sử dụng con dấu riêng, được mở tài khoản tại Kho bạc và Ngân hàng theo quy định hiện hành của Nhà nước.
Các Trung tâm có Giám đốc và các Phó Giám đốc Trung tâm, các Phòng có Trưởng phòng và các Phó trưởng phòng, được bổ nhiệm, miễn nhiệm theo phân cấp hiện hành của Bộ.
Giao cho Viện trưởng Viện nghiên cứu Rau quả: quy định nhiệm vụ, biên chế, quy chế hoạt động của các Phòng trực thuộc Viện; xây dựng phương án sắp xếp lại các Trung tâm trực thuộc Viện trình Bộ duyệt.